“两票制”和“营改增”的到来对医药工业从渠道到终端，乃至整个营销模式将会产生重大变革。制药企业将面临两个方面的严峻挑战，财即税、现金处理能力和商务处理能力。应对“两票制”和“营改增”，制药企业可以尝试四个途径。
未来，制药企业不可避免会面临以下两个方面的严峻挑战：
一是财税、现金处理能力。
具体来说，就是制药企业在费用合规的前提下，是否具备处理药价高开的财税事项以及快速提现返佣的能力。特别是解决医药销售过程中返利到终端各环节的“营销费用”。
二是商务处理能力。
“两票制”以前，制药企业生产出药品，如果没有自己的营销团队，那么营销模式集中于全国性总代理以包代管模式(一般倾向于大规模的商业集团公司)，期间的营销渠道设计管理、临床推广全权由总代理完成。
然而推行“两票制”后，厂家为了保持原有的市场覆盖、保障药品供应，可能需要在各地市商业开户，这就需要强大的商务团队来商业覆盖，工作难度史无前例，特别是散落在各地市的商业应收账款管理(合理的应收账款周期是企业良好运作、财务安全的保障)。期间还需要自行管理商业窜货行为等一系列以往在商业公司完成的管控工作。
四种应对
1、走“科工贸一体化”经营道路
我国有四千多家制药企业，企业规模大小不一，对于绝大多数采用“底价招商代理”销售模式的国内制药企业，想一步跨入“科工贸一体化”商业模式是非常困难的。但是，不论是从国家政策环境还是市场趋势来看，行业一定是逐步趋向高效集约化的方向，这仅仅是时间问题。
从供应链角度，行业中的个体企业要不断打造和完善自身的综合实力，加强自身盈利和抗风险能力。
走“科工贸一体化”模式不断发展壮大的制药企业典型代表扬子江药业集团有限公司就是很好的案例。这样的企业，生长基因里本身就已具备“两票制”实施土壤，借助医药第三方物流配送，经营上甚至可以做到“一票制”直接开据发票至医疗终端。
再将目光转向外资药企，不论是阿斯利康、辉瑞还是罗氏等，这些外资制药企业除了极少数十分成熟的药品采取外包代理商经营外，绝大部分药品都是采用自建营销队伍在国内各省设立直营销售的模式。当然，这种模式的推广与药品品种在市场中的表现和品牌知名度大有关系，但这种模式的推广尝试不失为部分国产制药企业的转型方式之一。
2、整合医药代理商资源
随着新政的推行，越来越多医药自然人(居间人)或终端代理商将会面临转型，制药企业可以将其吸纳成为“准销售代表”，充分利用其对终端的资源优势。根据各地招标品种价格，直接开票给当地终端商业配送公司，制药企业根据销售量或销售回款，给“准销售代表”提取销售返佣，用于药品销售过程中的各项营销费用。
3、争取税收优惠
在两大新政背景下，对于“底价招商代理”销售模式的上游医药工业来说，表面上看带来了销售额的成倍增加，但同时高开部分缴纳的增值税使得企业纳税基数增多。不过，由于“营改增”产生的税收是中央与地方分成收取，因此制药企业可以与当地政府报备协商取得谅解共识的基础上，利用当地或国家的相关政策来实现税务优惠。比如：医药工业企业申请高新技术企业、承接国家项目等，以免除其应缴的全部或部分税款，或者按照其缴纳税款的一定比例给予返还等，从而减轻税收负担。
4、与医疗终端开展相关合作项目
随着国家对医疗服务转型创新升级，特别是针对慢病患者开展的患者“签约服务”的进一步推广，医药制造企业完全可以尝试参与医疗机构创新科研项目、发展互联网医疗帮助医疗机构为病患建立健康档案及康复指导等信息化系统。
此外，在国家对“处方外流”的政策引导下，医疗终端的门诊药房会逐步退出。企业可以结合医院实际需求，帮助其构建高效的病区内处方的审核、药品调配和复核以及院内配送系统，围绕医疗服务升级、科研创新成果转化的理念合作共建，以及解决医生费用的合理支付，实现上游医药工业与下游医疗终端的双赢。