“两票制”和“营改增”的到来对医药工业从渠道到终端，乃至整个营销模式将会产生重大变革。制药企业将面临两个方面的严峻挑战，财即税、现金处理能力和商务处理能力。应对“两票制”和“营改增”，制药企业可以尝试四个途径。
2015年，医药工业规模以上企业实现主营业务收入26,885.19亿元，同比增长9.02%。据行业人士初步估计，这其中有接近60%是国产处方药销售收入，也就是有将近16,000亿元的处方药市场。国内这些处方药的销售绝大部分采取底价发包模式进入市场。
“营改增”之前，由于各地方税点的差异，加上过票公司存在大量不开票销售产生的“多余票据”，使得大包商可以通过商业“过票”方式，转嫁高开后提现风险，以维持渠道推广过程中的各类费用支出。
根据“两票制”规定，药品生产企业开出第一票到医药配送公司，后者开据销售第二票直接到医疗机构，压缩了流通环节。
此外，“营改增”政策的执行，以及各地市金税系统的升级，所有发票的开据都在税控系统中完成，并且“营改增”政策下商业过票风险巨大(虚开增值税发票与刑责挂钩)。增值税抵扣采取逐个逐项分类抵扣，过程中必须严格做到票、帐、货相符。例如：“营改增”前，药品生产企业在票面折让时可以在票据上按一定比例总体折让;而改革之后，每笔折让都得细化到品种，这导致商务成本增加。
由于过票代价极高，药品从厂家进入商业高开难，高开部分对厂家财税处理能力提出了极高的要求，那么干脆以底价进入市场价格透明化，而这无异于面临自我降价的过程。随着各地招标平台价格间的联动，如果没有足够的利润空间进行临床推广特别是给到医院终端的利益分配，最终可能沦为退出市场的噩梦。摆在制药企业面前的只能是选择高开出厂药价。
大部分人会认为，这样的举措将迫使代理商或医药自然人(我们称之为“居间人”)消失，然而对此笔者理解却相反。大量存在的医药流通领域的医药自然人特别是大居间人，不仅不会消失，反倒会成为供应链上游也就是医药制造企业以及中间医药流通企业争夺的焦点。那些靠近并掌握着终端市场，并且能够解决高开后票务处理大额提现返佣金的代理商或医药自然人，将得到更多底价发包的制药企业的青睐。
两大挑战
未来，制药企业不可避免会面临以下两个方面的严峻挑战：
一是财税、现金处理能力。
具体来说，就是制药企业在费用合规的前提下，是否具备处理药价高开的财税事项以及快速提现返佣的能力。特别是解决医药销售过程中返利到终端各环节的“营销费用”。
二是商务处理能力。
“两票制”以前，制药企业生产出药品，如果没有自己的营销团队，那么营销模式集中于全国性总代理以包代管模式(一般倾向于大规模的商业集团公司)，期间的营销渠道设计管理、临床推广全权由总代理完成。
然而推行“两票制”后，厂家为了保持原有的市场覆盖、保障药品供应，可能需要在各地市商业开户，这就需要强大的商务团队来商业覆盖，工作难度史无前例，特别是散落在各地市的商业应收账款管理(合理的应收账款周期是企业良好运作、财务安全的保障)。期间还需要自行管理商业窜货行为等一系列以往在商业公司完成的管控工作。