1. 福建省医疗保障管理委员会办公室设在省财政厅，相对独立运作
1.1 设立医保基金管理处、医疗服务价格处、药械采购配送监管处3个内 设机构，专项承担省医保办具体工作；
1.2 下设省医疗保障基金管理中心、省药械联合采购中心、省医疗保障电子结算中心，承担省医保办相关事务性工作。
2.在划转整合省人社厅、省卫计委、省民政厅、省物价局、省商务厅等部门职责的基础上，省医保办主要承担的职责是：
2.1贯彻执行国家有关医疗保险、生育保险、医疗救助（以下统称医疗保障）的法律法规和政策规定，研究拟订我省医疗保障相关政策、规划、标准、办法并组织实施；
2.2 负责监督全省医疗保障基金征缴（拨付）、支付和管理，承担省级医疗保障基金管理工作；
2.3 负责指导、监督全省医疗服务价格谈判、调整，承担与省属医疗机构医疗服务价格的谈判和确定工作；
2.4 负责指导、组织、监督全省药品、医用耗材的联合采购、配送和结算管理，承担省级药品、医用耗材的联合采购、配送和结算管理等工作；
2.5 负责指导全省医疗保障定点医药机构管理，承担省级医疗保障定点医药机构协议管理等工作；
2.6 负责定点医疗机构服务行为的监督管理以及医疗费用稽查稽核，监测、调控相关药品价格和医疗服务价格；
2.7 负责推进全省医疗保障信息系统的规划和建设工作；承担省委、省政府、省医疗保障管理委员会交办的其他任务。