微生态制剂也叫活菌制剂，是指运用微生态学原理，利用对宿主有益无害的益生菌或益生菌的促生长物质，经特殊工艺制成的制剂。近几年来，作为抗生素替代品的微生态制剂由于其无毒、无残留、无污染等特点得到了快速的发展和较广范围的使用。
微生态制剂的作用特点
维持肠道菌群平衡在正常情况下，动物肠道内的有益菌和有害菌相互作用可使微生物之间保持动态平衡，当其受到外界影响时，如应激、大量长期使用抗生素等，这种动态平衡可能会被打破，使有害菌大量滋生，导致机体发病。而长期和定期使用微生态制剂则可以维持动物肠道内菌群平衡。
具有抗感染和提高免疫力的作用微生态制剂通过生物夺氧、竞争占位、产酸等作用方式增加肠道内有益菌的数量，从而限制外来菌的数量，增强机体的抗感染能力，降低了机体发病率。同时微生态制剂还可促进免疫器官发育，增强机体免疫力。
具有防治腹泻的作用动物腹泻时肠道菌群会发生紊乱，双歧杆菌的数量明显下降，并且还会使肠道内失去厌氧菌的屏障和拮抗作用，利于外袭病原的侵袭。无论是急性、慢性腹泻，还是病毒性、细菌性腹泻，都会使存在于肠道中的有益厌氧菌群明显减少，肠道菌群严重失衡。微生态制剂采用双歧杆菌、乳酸杆菌等微生态调节剂疗法，可迅速提高肠道厌氧菌数量，促进腹泻治愈。
提高饲料转化率，促进生长微生态制剂除了本身就可以为机体提供营养素外，还能够合成多种维生素，如乳酸杆菌和双歧杆菌能够合成维生素B等，促进机体对蛋白质、钙、铁等的消化吸收，从而促进畜禽生长，提高生产性能。
消除环境恶臭，改善环境卫生许多微生态制剂进入动物体后，与肠道内有益菌相互协同作用，有效增强肠道的活动能力，提高蛋白质的利用率。同时，由于肠道有益菌的大量繁殖，势必会抑制大肠杆菌等的活动，从而减少蛋白质向氨和胺的转化，使肠内和血液中氨的浓度下降，减少随粪便排出的氨量，臭味得到有效控制，改善了舍内空气质量，减少了机体应激，降低了环境污染程度。
使用时机
幼体动物微生态制剂在动物的整个生长过程都可以使用，但不同的生长时期其作用效果不尽相同。对于动物幼体，肠道内微生态平衡尚未完全建立，抵抗疾病的能力较弱，此时引入益生菌，可较快地进入体内，占据附着点，效果最佳。如新生反刍动物使用微生态制剂可增加肠道内有益微生物种群数量，防止病原微生物侵害肠道，还能促进宿主动物对纤维素的消化。雏鸡出壳后，使用微生态制剂可使其中的有益菌优先占据消化道，抑制有害菌的大量繁殖，防止肠道疾病的发生，同时可防止经垂直传播的细菌危害。
消化紊乱时在断奶、运输、饲料转换、天气突变和饲养环境恶劣等应激条件下，动物的消化系统易发生紊乱，表现为粪便稀软，含有饲料便，生长缓慢等。此时投服微生态制剂，肠道有益菌群会迅速恢复，从而减少发病的机会。
肠道正常菌群因大量投服抗菌素而被破坏时当动物发生细菌或病毒性疾病时，大量投用抗菌素、抗病毒药物，会造成动物肠道内的有益菌、有害菌被大量杀死，停药后有害菌如大肠杆菌等会迅速生长繁殖，很可能使动物再次发病。所以在投完抗菌药后及时使用微生态制剂，可有效地抑制有害菌的增殖，使肠道内环境呈现正常的平衡状态，减少疾病的复发。
使用时间
微生态制剂无论作为饲料添加剂、生物防治剂还是作为环境改良剂其生理作用已得到实践的检验，是今后发展生态养殖的重要动力。现在人们还仅仅把它作为一种生物调控手段，如用作疾病防治剂，因其治疗效果还难以和化学药物相比，仅作预防使用，当养殖动物出现突发性病症，还得通过化学药物加以控制。另外，微生态制剂提倡的是正常微生态平衡的维护，提高动物自身免疫防御能力，这是一个长期的工程，必须在动物的日常养殖过程中不断给予补充，方能起到预期效果。
使用效果
微生态制剂的成分是有益细菌，而不是药物，不能直接杀死病菌，更不能杀死病毒。其作用是直接或间接抑制病原菌，治疗和调理一些较轻的肠道疾病，去除氨气，改善养殖环境，使机体恢复健康，促进生长。现阶段要提高微生态制剂的使用价值和效果，首先先用有效抗生素杀死，清理致病菌；再用微生态制剂迅速补充肠道有益菌群，并辅助原籍菌群恢复优势地位，改善肠道菌群平衡，提高免疫力，进而促进消化道和呼吸道健康，保证生产性能。这样就可以做到主动的生态养殖，结合适量的药物辅助治疗，发挥畜禽的最大生产性能，降低医药费，消减生产成本。
总之，在动物微生态理论指导下，有针对性地使用、选好、用对微生态制剂，以最少的投入，走最大化收益的新一代绿色生态养殖道路将是养殖的大趋势。