很多养殖者和一线的兽医工作者，最近都有这样的感慨，以前的大肠杆菌用上药就能控制住，现在的大肠杆菌用几遍药都控制不住，为什么这么难治呢？
1、反复的应激，是大肠杆菌难治的重要原因，大肠杆菌是一种条件治病菌，天气突变，换料、扩群、冷热应激，都会造成大肠杆菌的大量繁殖，由常在菌变成致病菌，引起家禽发病。
2、非典型性感冒的隐性发生，是大肠杆菌难治的 “ 幕后推手 ” ，临床上感冒症状不明显，解剖时往往只看到大肠杆菌的症状，治疗时侧重大肠杆菌，轻视了病毒的影响。
3、霉菌的累积危害，是大肠杆菌难治的 “ 幕后黑手 ” ，治大肠杆菌的同时，必须根治霉菌，如若不然，大肠杆菌很难治愈，而且容易反复。
4、大肠杆菌极易产生耐药性，加上原料药的滥用，大肠杆菌对大多数抗菌药出现很强的耐药性，临床用药十分困难。
5、饮水和饮水器具的污染，以及饮水管道生物膜的大量繁殖，这是老养殖区比新养殖区，旧棚比新棚大肠杆菌难治的根本原因。
6、用药不规范，发病早期不注意用药，后期用药又心急，希望药到病除，不按用药的原则来用，这样的结果是，既使用了大量药物，又没达到治愈的目的。
7、致病性的大肠杆菌血清型很多，存在很强的区域性，不同的区域用药习惯不同，对药物的敏感性也不同。
8、支原体的久治不愈，使大肠杆菌变的更难治疗，肉仔鸡的大肠杆菌病与支原体病是一对孪生兄弟。支原体的感染使气管的微绒毛萎缩、断裂，减弱或失去了清除异物的功能，使大肠杆菌由呼吸道感染，发生混感。