蒙药蒙医有着悠久的历史，是蒙古族人民长期同疾患作斗争的经验总结，并吸收藏医、中医经验逐渐形成的。蒙药与中药相似，以草药为主，是多种草药研成药末制成的。治病多用成药，并总结出饮食疗、炙疗、罨疗，瑟博素疗、皮疗、温泉疗、针刺放血疗、按摩疗等方法。蒙古族医学家和药学家还写出一批医药著作，如《饮膳正要》、《方海》、《蒙药正典》、《蒙医药选编》、《普济杂方》。
蒙药种类繁多，资源丰富，分布广，为蒙医所常用。其主要来源于自然界的植物、动物和矿物，且以植物药为主。著名蒙药学家占布拉道尔吉所著的《蒙药正典》共收录了879种蒙药，分了8大类。《内蒙古蒙药材标准》已收录的322种蒙药中，植物药222种，动物药40种，矿物药42种，其他类17种，植物药占总数的69%。从以上足以看出蒙药取材广泛，是以植物药为主的。
蒙药学以古代朴素的五元（土、水、火、气、空）为理论基础。认为植物发育生长与“五元”有密切的关系。土是植物的基础，是植物吸养之源，生命之根本。水是植物所需养料的溶媒，也是植物体内运化因子，有滋润营养植物、促进其生长的作用。火在植物内为能量、动力因子；外界的阳光、温度，使植物生长成熟。气在植物内为生化因子，气具有养育植物、促其生长的作用。空在植物内为间隙因子，是物质形成管腔孔道之因素。
蒙药和中药虽然均为传统医药，但是两者在临床用药上却不相同，很多蒙药和中药交叉使用，但有些药作用机理却不一样，如肉豆蔻，中医用于温中行气、涩肠止泻，而蒙医用于治疗心脏病；有些蒙药材为中医少用而蒙医大量使用如石榴、黑冰片、大栀子、大蜀季花、山沉香、蒙古山萝卜等。蒙药的炮制方法，炮制所用辅料，炮制程度也和中药不同，而且蒙药多为生用，服用方法和用量也各异。正因为如此，按蒙医药理论制成的蒙成药，药味浓、用量少（汤剂一般口服一次3~5克，丸、散剂口服一次1.5~3克）、药力大、作用独特、疗效突出。在长期医疗实践中证明，蒙医在治疗偏瘫、风湿、类风湿、心脏病、胃病、肺病、妇女病、偏正头痛、咽喉痛等等都有一些疗效显著的独特方剂和蒙成药，深受民族医生和患者的欢迎和好评。