卫生分院成立于2012年，现设有护理、医疗设备应用技术、社区康复（健康服务管理）、老年服务与管理4个专业。卫生分院遵循“工学结合、校企合作”的人才培养模式，以服务首都现代服务产业为遵旨，依托北京大学国际医院，积极与北京市三级及以上医院、职业健康管理机构、医疗器械公司、社康服务中心等开展合作，特别是与北京大学国际医院、北京大学首钢医院、航空总医院开展“1.5+1.5南丁格尔订单式联合办学，已形成独具特色的办学模式。
卫生分院的校内实训中心有基础护理实训室、形体训练室、内科护理实训室、外科护理实训室、手术实训室、妇产科护理实训室、儿科护理实训室、无菌操作室、急救实训室、ICU实训室、模拟病房、人体结构实验室、人体机能实验室、数字化组培实训室、医用心电仪器实训室、医用检验仪器实训室、医用超声仪器实训室、医用传感器实训室、数字影像设备实训室等。
卫生分院的校外实习基地有北京大学国际医院、北京大学第三医院、北京大学首钢医院、北京协和医院、首都医科大学附属北京友谊医院、首都医科大学附属北京佑安医院、首都医科大学附属北京安贞医院、首都医科大学附属北京潞河医院、首都医科大学平谷医院、清华大学华信医院、清华大学长庚医院、航空总医院、北京航天总医院、北京中医药大学东直门医院、中国中医科学院西苑医院、阜外心血管病医院、中日友好医院、北京房山医院、北京水利医院、天津医科大学总医院、天津市第一中心医院、天津市南开医院、山西医科大学第一附属医院、山西医科大学第三附属医院、大连市友谊医院、中国人民解放军总后药检所、GE中国医疗集团、北京中科美伦医疗股份有限公司、北京谊安医疗系统有限责任公司等。