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在推行两票制的大背景下，医药商业领域的整合被指是大势所趋。然而，低于市场预期的是，随着政策的逐步落地，医药商业领域大规模的整合并未出现。
“医药商业领域的企业存在诸多挂靠、过票、虚开发票等被定性为违规的历史行为存在，这样就导致整合商业企业可能背负上财税风险。” 第三方医药服务平台麦斯康莱创始人史立臣表示，医药商业领域整合现在基本停滞。
药企寻求销售模式转型
分析人士认为，“两票制”将压缩药品流通环节，医药流通行业将进一步整合，综合竞争力较强的大型医药流通企业明显受益。
史立臣表示，目前，中国有上千家制药企业，但有自营队伍的制药企业并不多。大多数企业还是以代理模式为主。随着两票制等政策推开，无自营队伍的制药企业营销将陷入难以为继的状态。
面对两票制，一些医药生产企业选择与大型医药商业企业合作。
广生堂今年2月份发布了《关于与国药控股股份有限公司签订战略合作协议的公告》，合作内容包括：广生堂向国药控股优先提供自行生产的符合国家质量标准的医药产品，委托国药控股所属子公司进行区域经销或代理销售，并使国药控股所属子公司逐渐成为广生堂一级经销商；广生堂借助国药控股全国健全的分销网络和物流配送平台，优先确保直销医院、零售终端或经一次商业分销到达销售终端，从而减少营销环节和降低成本，保障产品顺畅销售；等等。
广生堂表示，本协议的签订是公司积极应对药品流通环节“两票制”、推动销售模式转型升级的重要一步，是双方进一步共享优势资源，降低成本、提高效率，提高企业抗风险能力的双赢之举。本协议的签订将理顺公司的药品配送体系，扩大公司产品的终端覆盖，预计将对公司2017年度经营业绩有正向影响。
合规问题阻碍并购
有分析人士认为，在“两票制”推行后，医药商业企业数量将会大幅下降，大量中小企业将会被并购，龙头医药商业企业将会受益。然而，这一现象因企业存在合规问题并未大规模出现。
史立臣表示，目前已经有46家商业企业因为挂靠、过票、虚开发票等历史违规行为被查出。
南京医药旗下子公司此前就“中招”。据南京医药发布的公告，2017年2月14日，国家药监总局官方网站发布《关于福建中源医药有限公司等10家药品批发企业检查结果的通告（2017年第24号）》。
根据上述通告：“福建东南医药有限公司财务凭证显示黄某向该企业转账补差款，该企业提供的黄某所在河南某公司的授权委托书涉嫌伪造。该企业退回药品时开具的多项负项税发票内容不真实，正负销项发票的购货方及货物名称均不一致。该企业收货人员未核实供货单位的出库单印章，部分出库单印章与首营审批材料不一致。该企业不能提供部分冷链药品运输途中温度数据。温湿度监测系统中多项数据与其后台原始记录数据备份不一致，涉嫌存在温湿度数据造假行为。”
福建东南为南京医药子公司。2017年2月20日，福建东南收到福州市市场监督管理局《关于收缴GSP认证证书的通知》。
2016年，复旦复华下属子公司因收受虚开的增值税发票被税务监管部门开出了约2.66亿元罚单，而这一罚单相当于复旦复华近十年来的净利润。
“企业不愿意并购，是怕控股相关商业公司之后被监管部门查出历史问题。”史立臣表示，医药商业领域的整合并没有加剧。“现在很多医药商业企业的价值非常低，已经不具备投资价值”。