保温杯结构相对复杂，与无盖的敞口杯相比，它更易成为人们嘴边的健康隐患，但卫生问题却常常被人们忽视。
中国健康教育中心教授沈雁英表示，保温杯不及时清洗或使用不当，会导致大量细菌藏匿其中。细心的人会发现，保温杯存在更多卫生死角，比如内胆、瓶盖缝隙等。正常清洗时，手很难接触到这些地方。她说，保温杯内温度适宜、环境湿润，易滋生各种细菌。而且口腔本身就是“有菌”环境，喝水、盖上瓶盖……每天反复多次会让附着在杯口的细菌越来越多地积累在瓶盖缝隙内，极易随水入口。
小孩们比较爱用的按压式保温杯隐患可能更大。由于其瓶盖上有一个类似于“阀门”的按钮，所以每次倒水前，都需用手按下按钮，若手不干净，细菌就有可能沾染在按钮上，让风险加倍。另外，不少人都有随身携带保温杯的习惯，杯身与各种物品接触频繁，表层卫生一样令人堪忧。
台湾林口长庚纪念医院临床毒物科教授林中英曾做过一个测试，结果发现，保温杯内壁、杯口及杯盖中存在数不清的细菌和微生物，是饮水的一大健康问题，值得引起重视。
除了卫生容易被忽视外，很多人使用保温杯还存在一些误区，比如，有些人喜欢用来泡茶、有些人习惯用来装牛奶或饮料。沈雁英说，泡茶又不注重清洗会让杯内产生异味和茶垢；牛奶、豆浆等高蛋白质饮料在保温状况下易变质，还会黏附在内壁，让清洗变得困难；碳酸饮料、果汁等含酸性物质，长期会溶出内壁的镍铬金属等。
如何正确使用保温杯，需注意以下几点：
第一，每天彻底清洗一次。这是防止产生异味和污渍的根本方法，清洗时千万不能只是简单用水冲一下，杯面、内胆、瓶盖都要照顾到。
第二，先洗内胆再洗瓶盖。一般来说，正确步骤是：瓶内放少量食盐，加温水晃匀，浸泡5~10分钟；取下杯盖，在牙刷上挤点牙膏，轻轻刷洗瓶盖缝隙；杯子内外整体用清水冲洗一遍；洗完不要马上盖盖子，应彻底晾干再盖，以免不锈钢保温杯发臭。
第三，别泡茶或装饮料。保温杯最好单纯用来喝水，忌泡茶，装饮料、乳制品或中药等。