种鸡生产过程中，经常会出现个别种鸡掉毛现象，主要出现在颈部和背部上，有的掉毛现象和产蛋减少并发，有的掉毛现象则不会影响鸡群产蛋。导致种鸡掉毛的原因主要有皮炎（包括毛囊炎）、羽毛的结构与质地异常或变脆、羽毛更换以及啄羽等，引起这些异常出现的原因很多，大体可归纳为以下几个方面。
一、营养因素
羽毛的生长和正常结构的维持需要合适的营养供给，凡是与羽毛结构有关的营养成分缺乏都可能导致羽毛变脆而容易折断；在饲料中营养成分含量不足，常常引起皮炎和毛囊炎，从而诱发种鸡的啄羽现象。目前对种鸡的营养需要研究，在矿物质和维生素的需要方面已逐渐成熟，只要是大的维持需要合适的营养供给，凡是与羽毛结构有关的营养成分缺乏都可能导致羽毛变脆而容易折断；在饲料中营养成分含量不足，常常引起皮炎和毛囊炎，从而诱发种鸡的啄羽现象。目前对种鸡的营养需要研究，在矿物质和维生素的需要方面已经很成熟，只要是大型正规厂家生产的饲料（预混料）都能完全满足种鸡高产对维生素和微量元素的营养需要。对营养因素引起的种鸡脱毛原因，主要表现在大料配制时的能量水平、蛋白水平和鸡的采食量相对较小，导致的种鸡脱毛。
1、饲料中的能量水平偏低，导致鸡的能量摄入量不足，从而引起种鸡的羽毛脱落。
在福建的福清市场了解到，不管使用哪个厂家的预混料都有鸡群出现蛋鸡掉毛的现象，通过对用户使用饲料的了解，饲料配方中存在低能量高蛋白的问题，是导致脱毛的主要原因。
2、蛋白质水平低，特别是含硫氨基酸缺乏时，可直接影响作为羽毛的主要成分——角蛋白的合成致使家禽特别是成年家禽出现羽毛大量脱落，有的甚至全身掉毛后，迟迟不能生长。病禽尾、颈背部羽毛脱落，常被其他同伴啄食，引起皮肤感染，甚至出现同类相残，相互攻击的啄癖。
3、食盐：饲料中食盐含量高会引起鸡群的食盐中毒。慢性中毒者，羽毛易脱落。福建福清出现的蛋鸡脱毛问题可能与普遍使用咸鱼干有很大关系。咸鱼干含有很高的食盐，导致鸡群出现慢性的食盐中毒，引起羽毛脱落。同样是在福建，其他地方不使用咸鱼干没有出现有脱毛现象。
二、环境因素
1、温度
在高温季节，鸡为了散发体内的热量，会出现少量掉毛的现象，但在新开产的母鸡群内表现不明显。
2、光照
频繁地出现停电或忘记关灯、改变开关灯时间都会导致产蛋率下降并引发脱毛现象。季节交替（特别是春夏之交）光照突然增强，造成鸡的不适合应激，容易导致鸡的啄毛而发生脱毛。
三、笼具因素
我国目前普遍使用的鸡笼主要是三层阶梯式笼，鸡笼的前网立丝的间距较小，当鸡在采食和饮水时头颈部伸出笼外的过程中颈部的羽毛常常与前网立丝摩擦，时间长了会导致母鸡颈部羽毛折断或脱落。相反使用竹笼的鸡群羽毛较好。
四、生理问题
在种鸡产蛋高峰期之后，体内雌激素的水平有所下降，产蛋鸡会出现局部换羽的情况，尤其是在颈部和背部。春季开产的种鸡在进入秋季后会出现部分羽毛脱换现象。
五、管理因素
1、喂料量不足
当产蛋鸡每天的采食量受控制，长期不能饱饲的情况下会出现啄毛和掉毛现象。这种情况不一定伴随产蛋率的下降，可能会出现蛋重略小。
2、缺水
长时间断水，特别是在夏季，可造成严重的应激脱毛，并伴有产蛋量严重下降。
3、应激
在种鸡的日常管理中如果某种较强的非病理性应激频繁出现则会引起产蛋率的明显降低并诱发换毛。
六、疾病因素
某些疾病的发生往往伴随掉毛的出现，如寄生虫(鸡羽虱/螨虫)、病毒性疾病（流感等）。