虽然试管婴儿圆了广大不孕夫妇的家庭梦，存在的风险并不大，但是也可能出现一些并发症，比较常见的有：
1、 卵巢过度刺激综合征
在取卵后约1周左右，有少许患者出现以下症状：在临床上会出现腹胀、腹水（甚至胸水）、卵巢增大、胃肠道不适、少尿等症状，血液浓缩血容量减少、电解质紊乱、高凝状态、肝肾功能损害、血栓形成、成人呼吸窘迫综合征、甚至死亡。发生率为0.6%~14%。
卵巢过度刺激综合征是试管婴儿过程中最常见的并发症，轻至中度卵巢过度刺激可以自行痊愈，而重度的卵巢过度刺激需要住院对症治疗，否则有可能危及生命。患者可以正常饮食，腹胀患者宜少食多餐，以低糖高蛋白易消化食物为主。避免过度劳累，避免腹部受压及撞伤。
2、 多胎妊娠
由于移植多个胚胎到子宫，目前试管婴儿的双胎率是比较高的，大概在30%左右，也增加了早产及母儿并发症的风险，故妊娠双胎建议减胎，妊娠3胎或3台以上必须减胎。
3、 宫外孕
虽然IVF是将胚胎移植到子宫内，但是由于输卵管趋化因子对胚胎的影响，胚胎会游走到输卵管内，在输卵管内着床、发育，造成宫外孕。
4、 卵巢伤害
由于促排卵治疗导致多个卵泡生长，或取卵后形成多个黄体囊肿，使卵巢明显增大，此时当妇女活动过度或改变姿势过度迅速时，会导致卵巢扭转或破裂。