一、明确管理思路
推动药品流通行业改革发展应当坚持以下基本原则：一是政府引导，充分发挥市场机制的基础性作用;二是完善法制，规范企业经营行为;三是科技引领，提高药品供应保障能力;四是统筹城乡，保证边远地区的药品供应;五是改革创新，改善药品流通行业发展的外部环境。
对于推动药品流通行业改革发展的今后的工作，商务部表示必须以中央医改政策、方针和目标为指导，以逐步完善符合国情的现代药品流通体系为目标，以“优化结构、调控总量、统筹城乡、规范秩序”为着力点，以推动行业结构调整，加快发展现代医药物流和连锁经营为手段，逐步提高企业信息化水平和流通效率，指导药品流通企业改革，提升企业的质量安全水平、供应保障能力和信用水平，满足医疗卫生事业改革发展的要求，确保老百姓吃上放心药、方便药。
二、力促行业集中度提高
种种迹象表明，在商务部整治中国药品流通行业的思路中，促进行业结构调整、提高行业集中度是重头戏。
中国药品批发企业数量过多，行业集中度仍然较低。
由于缺乏规划，一些地方批发企业数量过多，各省市少则数百家，多则一千多家。同时，市场分割和地方保护主义，阻碍了国内统一大市场的形成，限制了公平竞争，制约了药品批发配送业务的适度集中和高效，难以形成国际竞争实力。
对上述情况，商务部将出台措施来引导药品批发企业兼并重组，培育一批年销售额过数百亿的区域性大型医药企业，形成2-3家年销售额过千亿的全国性大型医药商业集团。商务部将鼓励和支持全国性和区域性的优势药品流通企业通过收购、兼并、联合、参股、控股等方式，利用产业基金、融资担保、信用保险、上市融资和利用外资等经济手段，拓展流通网络覆盖面，实现规模化、集约化和国际化经营。
针对兼并重组中出现的“政府部门干预，拉郎配”、“企业跑马圈地、盲目扩张”的现象，要发挥好市场机制在配置药品流通资源中的基础性作用，实现药品流通企业的优胜劣汰，逐步提高行业集中度和流通效率，切忌用行政命令、行政干预的办法或“一刀切”。企业是行业结构调整的主体，要充分发挥企业的主观能动性和改革的积极性，积极参与兼并重组，优化结构，在激烈的市场竞争中做大做强。
在大型企业向千亿销售额目标进军的同时，也将推动中小企业实现转型升级。商务部将支持专业性或其他有特色的中小药品批发企业充分发挥其优势，做精、做细、做强。
按照商务部的规划，中小企业的未来发展方向已经明晰。商务部将鼓励探索组建企业间的战略联盟，推进医药代理、批发、配送、零售的一体化经营，并鼓励零售企业开设“专业药店”、“健康管理中心”等新型增值服务机构。
而对于无法转型并缺乏竞争力的中小批发企业，商务部将鼓励其通过自主选择逐步并入大型批发或零售企业，发挥其现有的基层药品流通网络的作用，避免重复建设，形成优势互补。
三、寻求打破医院终端垄断
在新医改中一直艰难前行的公立医院改革，商务部正在努力打破医院在药品销售终端的垄断地位。
药品销售终端市场分割，造成流通环节过多、成本过高。因历史和体制等多种原因，我国药品销售形成两种不同的市场格局：市场竞争较为充分、药价较为低廉的社会零售药店的销售只占国内药品市场的20%左右;而公立医疗机构药品销售约占全社会药品销售总额的80%，控制了绝大多数药品零售终端业务。
因管办不分和“以药养医”等体制性弊端，加上现行药品定价机制不尽合理，增加了流通环节和成本，导致部分药品价格虚高。终端市场的分割，为一些药品代理商和医药居间人进行商业贿赂提供了可乘之机，制约了药品批发市场向少环节、高效率、低成本的方向发展。
中投顾问在《2017-2021年中国医药流通行业投资分析及前景预测报告》中指出，商务部已计划在公立医院改革和鼓励社会力量办医疗机构的新形势下，借鉴国际经验，探索医药分业，促进医疗机构门诊药房的社会化。同时，为了打破医院终端的垄断，商务部还将推动出台允许患者凭处方到药店购药等有关规定。
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