心与肾在生理上的关系，主要体现在两个方面：一是在心阴心阳与肾阴肾阳之间的依存关系方面;一是在心血与肾精之间的依存关系方面。心在五行属火，位居于上焦而属阳;肾在五行属水，位居于下焦而属于阴。从阴阳、水火的升降理论来说，位于下者，以上升为顺;位于上者，以下降为和。
《素问·六微旨大论》说“升已而降，降者为天;降已而升，升者为地。天气下降，气流于地;地气上升，气腾于天”表明阴阳水火升降原理。心有阴阳，肾亦有阴阳，各自相互对立依存，以维持动态平衡。心之阴阳必须下降于肾，而充养肾之阴阳;肾之阴阳必须上升至心，以濡养温煦心之阴阳，只有心肾阴阳之间的上下交通，相互依存，才能保证这两脏之阴阳充足，并维持动态平衡关系，而称为心肾相交，也即是“水火既济”。
如《慎斋遗书》说“心肾相交，全凭升降……升降者水火”。《格致余论·房中补益论》说“人之有生，心为火，居上;肾为水，居下。水能升而火能降。一升一降，无有穷已，故生意存焉。”反之若心火不能下降于肾而上亢，肾水不能上济于心而下泄，肾无心火则水寒,心无肾水则火炽，心肾之间的生理功能就会失去协调，而出现一系列的病理表现，即为“心肾不交”或“水火未济”，临床出现失眠、心悸、怔忡、心烦、腰膝酸软，或见男子梦遗，女子梦交等症。
心主血，肾藏精，血与精之间可以相互化生。血化为精，如《医原》所说“谷气归心，奉君火而化赤，赤血得金气敷布，下行入肾化精”。精化为血，如《张氏医通》所说“精不泄，归精于肝而化清血”。这种精血互生关系，即体现了心肾之间在生理上的关系之一。亦为心肾相交、水火既济的功能创造了物质基础。临床所见心血不足导致肾精不足，或肾精不足导致心血不足，出现面色无华、心悸、耳鸣、腰酸膝软等症，就是心(血)肾(精)同病的征象。
肺与肾在生理上的关系，主要体现在水液代谢与呼吸运动两方面的协同作用和依存关系。肺主通调水道，为“水之上源”，肾为主水之脏，肺肾的协同作用，保证了水液的正常输布与排泄，肺的宣发肃降和通调水道，有赖于肾阳的蒸腾气化，而肾的主水功能亦有赖于肺的宣发肃降和通调水道。
肺肾在水液代谢功能方面，既有协同作用，又有依存关系。因此，肺失宣肃，通调水道失职，必累及于肾，而至尿少，甚则水肿。肾阳不足，关门不利，则水泛为肿，甚则上为喘呼，咳逆倚息而不得平卧，即如《素问·水热穴论》所说“其本在肾，其末在肺，皆积水也”。肺主呼气，肾主纳气，肺肾配合，以共同完成呼吸运动的功能。肺的呼吸功能，主要是呼吸的深度需要肾的纳气作用来维持。肾气充盛，吸入之气方能经肺之肃降而下纳于肾，故《景岳全书喘促论证》说“肺为气之主，肾为气之根”。
另一方面，肺气肃降，有利于肾之纳气，而肾气摄纳，也有利于肺之肃降。因此，肺肾在呼吸运动方面，既有协同作用，又有依存关系。若肾的精气不足，摄纳无权，气浮于上;或肺气久虚，久病及肾，均可导致肾不纳气，呼吸浅表出现动则气喘等症。
此外，肺与肾之间的阴气也是相互资生的，肾阴为一身阴气之根本，所以肺阴虚可损及肾阴。反之，肾阴虚亦不能上滋肺阴。故肺肾阴虚常同时并见，而出现两颧嫩红，骨蒸潮热，盗汗，干咳音哑，腰膝酸软等症。
肝与肾在生理上的关系，主要体现在血与精之间和阴阳之间的相互依存关系方面。肝藏血，肾藏精，藏血与藏精的关系，实际上即是精和血之间存在着相互滋生和相互转化的关系。肝血的化生，有赖于肾中精气的气化;肾中精气的充盛，亦有赖于血液的滋养。所以说精能生血，血能化精，称之为“精血互生”。
在病理上，如肝血不足可以引起肾精亏损，肾精亏损亦能导致肝血不足，出现头昏、目眩、耳鸣、腰酸等症。肝与肾中各有阴阳，肝肾阴阳之间的关系极为密切。肝肾阴阳，息息相通，相互滋生，相互制约，维持协调与充盛的生理状态，称为“肝肾同源”。在病理上也常相互影响，如肾阴不足，可以导致肝阴不足，称为“水不涵木”;肝阴不足，亦可以引起肾阴亏虚而致相火偏亢;肝火太盛也可下劫肾阴形成肾阴不足之证。
另外，肝主疏泄与肾主封藏之间亦存在着相互制约、相辅相成的关系，主要表现在女子的月经来潮和男子泄精的生理功能。若二者失调，则可出现女子月经周期的失常，经量过多或闭;男子遗精滑泄，或阳强不泄等症。
脾与肾在生理上的关系，主要表现在三个方面：一是肾脾为先后天之本的依存与协同关系;一是脾之运化功能与肾精肾阳之间的依存关系;一是脾肾在水液代谢过程中的协同作用。人体生命活动的根本，关系到脾、肾两脏。脾为后天之本，肾为先天之本，两者相互资助，相互促进，缺一不可，共同维持人体的生命活动。
脾主运化，肾中有肾精、肾阳，两者之间是相互依存的。脾之健运，化生精微，须借助于肾阳的推动、温煦，故有“脾阳根于肾阳”之说，肾中精气亦有赖于水谷精微的培育和补养，才能不断充盈和成熟。脾主运化水液，肾主管水液代谢，两脏在水液代谢过程中，相互配合，发挥协同作用，以保证水液的生成、输布与排泄过程的正常进行。
在病理上脾肾亦常相互影响，互为因果。如肾阳不足，导致脾阳虚亏，则可见腹部冷痛，下利清谷或五更泄泻，水肿等症。若脾阳久虚进而可损及肾阳，而成脾肾阳虚之病证。