胃肠道可被看作是一条从口腔延伸至肛门，并能储存食物、消化和吸收养 分以及排泄废物的柔性管道。但是，务必记住的是，进入消化道的食物从某种意义上讲仍然处于机体之外。任何动物在其出生或孵出并与其环境接触后不久，就有特定的微生物菌群在其表面，如皮肤、羽毛、鳞片等上繁衍，同时肠道微生物菌群建立。
自然环境下，在所有温血动物的肠道中建立微生物菌群，是不可避免的。多数情况下，首先建立的微生物类别，就是那些能最终定值并能在动物生命的整个成年阶段持续存在的最终微生物的先行者。各种类别的定植细菌均对宿主胃肠道的变化很敏感。因此，胃肠道必须提供任何将要定值微生物的生存所必需的因子。这些因子包括：适宜的温度、恒定提供的养分和必需的液体。在这些条件下，微生物在宿主肠道提供的环境中繁衍，宿主动物则从 这些非致病性微生物菌群中得到益处。Metchnikoff(1907)是首先提出动物的肠道微生物系统对维持其健康起关键作用的科学家之一。所以，维持微生物菌群的最优“平衡”，通常与宿主动物良好的健康状况相关联。
在饲喂平衡饲粮健康动物的消化道中有许多不同种类的微生物。肠道某些区域的一些微生物菌群可超过1000亿个细胞/克肠内容物。即便肠道中的微生物菌群保持相对稳定，但其数量和种类仍会受到环境条件、大量外源性物体和诸如拥挤和高温这样的应激因素的影响。这个巨大的微生物菌群对宿主动物的组织有影响，并在营养和生理上与动物组织发生相互作用。
由于肠道对环境是开放的，故任何特定时间在肠道发现的一些微生物都仅仅是随所采食的食物进入的暂居微生物。这些微生物只是通过消化道而不定植，且最终死亡。有时，这些暂居类微生物可能因宿主组织及已建立的微生物菌群的正常生物控制机制的失败而在消化道短暂停留。
一般情况下，有两类不同的菌群能在禽类胃肠道中定植。第一类是与上皮细胞有密切关系的菌群，例如，嗜酸性乳酸杆菌就是这类很好定植的微生物。
二类是游离于肠腔的细菌群，如粪链球菌。这些肠腔细菌以足够快的速率繁殖，以便不被肠蠕动排出。如果是非致病的有益微生物定植，且只要它们处于优势菌群，那么，宿主动物就应得到有益作用。
关于家禽乳酸杆菌区系的研究显示，嗉囊是用于维持肠道微生物平衡的乳酸杆菌的主要来源。这些乳酸杆菌附着于嗉囊的上皮细胞组织上。在这个部位，乳酸杆菌能接种新进食的食物，以确保这些细菌压抑大肠杆菌和其它病原菌而成为优势菌群。据报道，嗉囊上皮中的乳酸杆菌层对雏鸡有明显好处。这些微生物形成一～三层厚的细胞层，且在鸡的整个生命阶段持续存在。
大多数单胃家畜肠道微生物的定植是相似的。健康肉鸡肠道中的微生物已被特征化，前肠( 嗉囊和小肠)微生物与后肠(盲肠)微生物有明显的区别。一般地，前肠细菌以耐氧的革兰氏阳性菌为主，而后肠含的是不能在氧存在下存活的厌氧微生物。肉鸡嗉囊和小肠的混合微生物菌群产生大量的乳酸，而其盲肠的混合微生物菌群主要产生挥发性脂肪酸(VFA)，即乙酸、丙酸和丁酸。这些有机酸被普遍称作革兰氏阴性病原菌的抑制剂。
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专家们已研究了用不同的方法调控肠道内的微生物菌群，以改善宿主动物的性能、总体健康及福利。人们对调控胃肠道微生物区系的各种方法作了详细讨论。在所有家畜消化道中维持各种保护性有益微生物菌群，是很重要的。这种正常微生物系统的破坏会增加宿主动物对其后开始在肠道定植的病原微生物的易感性，从而引起动物疾病的发生。保护性微生物菌群对饲粮和环境的侵害反应敏感，因此，必须尽一切努力将这些侵害减少到最低程度，以确保动物消化道的健康。
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