2017年4月25日，国家医学科研机构中国医学科学院在北京发布《中国医改发展报告（2016）》，报告系统分析了2016年度中国医改的主要进展及成效、展示了地方改革的经验和做法，简要分析了面临的挑战和问题，并对未来医改工作提出建议。
报告指出2016年作为“十三五”开局之年，中央政府强化医改顶层设计、绘制医改蓝图，将人民健康放在优先发展战略地位，提出新时期卫生与健康工作方针，印发了《“健康中国2030”规划纲要》、《“十三五”深化医药卫生体制改革规划》和《“十三五”卫生与健康规划》，将医改向纵深推进。2016年，卫生领域供给侧改革迅速推进，中国医改在公立医院综合改革、分级诊疗制度建设、药品供应保障制度改革和社会办医等领域取得突破性进展和明显成效；基本医保保障水平稳步提升，稳步推进基本医保全国联网和异地就医结算，巩固完善医保制度网底，发展商业健康保险，强化制度衔接、助力精准扶贫；居民健康水平持续改善，居民主要健康指标总体上优于中高收入国家平均水平；服务提供能力显著增强，基本医疗卫生服务可及性明显改善；医疗服务费用增速得到有效控制；财政投入持续增长，卫生总费用结构逐步优化，个人支出占卫生总费用比例保持在30%以下，人民群众有更多的获得感。同时针对医改数年叠加的新老问题，提出继续加快推进医疗卫生供给侧改革，完善医疗、医保、医药联动机制，健全医药卫生法律体系，提升卫生治理能力，协同推进医学教育和科技创新等建议。
报告分为“总体进展”、“2016年医改新进展”、“地方改革探索”和“挑战与展望”四个部分。报告开篇肯定医改成果，认为“十二五”医改任务圆满完成，“十三五”顺利开局，深化医改取得突破性进展和明显成效，并通过数据证实了全民医保体系更加健全，深化公立医院改革，药品供应保障制度完善等方面取得突破性进展。
报告认为2016年医改工作主要有以下特点：一是党中央、国务院空前重视医改，强有力的医改推进机制正在逐步形成；二是更加注重供给侧结构性改革，群众获得感进一步增强；三是更加注重医疗、医保、医药联动改革，医改正在向提质增效迈进；四是更加注重改革经验的推广，地方试点开花结果。
报告着重用宏观数据概括并以案例形式展示了2016年医改取得的新进展：一是居民健康水平持续改善。2016年，婴儿死亡率下降至7.5‰，孕产妇死亡率下降至19.9/10万。二是公立医院综合改革试点扎实推进。综合医改试点省由4个扩大至11个，公立医院综合改革试点城市由100个增加至200个，县级公立医院综合改革全面推开，星星之火已成燎原之势。三是分级诊疗试点成效初显。在北京、上海、天津、重庆和266个地级市启动试点，探索医联体、医共体等多种分级诊疗模式，推进家庭医生签约服务，家庭医生签约服务覆盖率达22%以上，重点人群达38%以上。四是基本医保保障水平稳步提升。城乡居民基本医保人均财政补助标准提高到420元，大病保险新增财政补助10元，政策范围内门诊和住院费用报销比例稳定在50%和75%左右，人民群众的就医负担有所缓解。整合城乡居民基本医疗保险制度稳步推进，加快推进跨省异地就医结算试点。积极推进支付方式改革，实施临床路径管理的病例数达1010个，基本覆盖了常见病和多发病。五是药品供应保障制度改革深入推进。大力推进仿制药质量疗效一致性评价，加快药品审评审批，推进公立医院药品集中带量采购，在公立医疗机构药品采购中推行 “两票制”。推进国家药品价格谈判，谈判药品价格平均降幅在50%以上，并已在29个省份挂网采购。强化短缺药品预警和供应保障，新增9个紧缺低价药品定点生产品种，保障儿童药品供应。六是社会办医环境进一步优化。将营利性医疗机构设置审批改为后置审批，民营医院占比达55.3%，非公立医疗机构诊疗量占比超过22%。探索区域注册，推动医生有序流动。
报告也指出，随着医改的不断深化，影响医改进程的新老问题叠加：群众医疗服务需求日益增长，对供给侧改革提出了更高要求；我国卫生资源总量不足、结构不合理等问题仍比较突出；三医联动改革的推进机制仍需进一步完善，改革的整体性、系统性和协同性需要进一步加强；医药卫生法律体系亟须健全，监管法制化和规范化亟须加强，综合监管的手段和能力需要进一步提升。
报告对下一步深化医改提出如下建议：一是进一步强化对医改的组织领导。建立地方党政一把手亲自抓的组织管理体制，强化医改问责和追责机制，推进医改向纵深发展。二是把推进医疗卫生供给侧改革放在更加突出的位置。围绕分级诊疗制度、现代医院管理制度、家庭医生签约服务、药品供应保障制度等供给侧的核心制度，增加服务供给，打造质量更好、成本可控的医疗服务体系，满足人民群众不断增长和日益多元化的医疗卫生服务需求。将卫生人才队伍建设放在卫生事业的优先发展位置，健全完善人才培养使用和激励评价机制，改善从业环境和薪酬待遇，调动广大医务人员积极性、主动性和创造性，发挥医务人员改革主力军作用。三是完善医疗、医保、医药联动机制。建立与大健康的理念相适应的医保管理体制；系统推进医保支付方式改革，合理控制医药费用增长；协同推进医保制度建设与医疗服务供给侧改革，进一步发挥医保在医改中的基础性作用。四是健全医药卫生法律体系，提升卫生治理能力。建立健全医药卫生法律体系，将医改纳入法制化改革进程，改进医药卫生领域行政审批制度。加快卫生综合监管法制化进程。加强现代卫生治理体系建设，提升卫生治理能力。五是协同推进医学教育和科技创新，发挥对医改的支撑作用。优化医学专业设置，加强全科医学、儿科医学和康复医学等专业人才培养，满足老龄化、疾病谱变化引发的卫生人力资源需求。加快医学科技成果转化，使医学科技进步成果更好地惠及人民群众，助推医改向纵深迈进。