由于中药材的前身为农副产品，生产经营分散，规模小，秩序混乱，加之我国各地历史、文化、传统习惯不同，产生各种质量问题的原因极为复杂。入行门槛低，从业者质量意识薄弱，普遍存在重产量轻质量、重指标轻过程等不规范生产、经营和使用行为等，是导致中药材质量不合格的主要原因。
1. 种植养殖不规范
虽然国家推行GAP规范化种植养殖已有十多年时间，常用大宗药材已经实现了人工规模化种植，但整个中药材种植业距离实现规范化种植还有相当一段路要走。特别是在基层，中药材种植养殖的最大特点是小、散、乱，种植养殖缺乏统一的管理和技术指导，以农户为单位的中药材种植规模小、产地分散，导致中药材质量参差不齐、市场秩序混乱。
尽管近年来中药材产业发展取得了很大成绩，但与中药工业快速发展仍不相适应，也大幅落后于我国农业的整体发展水平，产业发展还存在一些突出问题。
具体表现在：
一是中药材整体生产水平相对落后，目前仍以千家万户分散经营为主，组织化程度低，良种、良法未能广泛应用，规范化、规模化生产比例偏低，科技水平不高，产地加工落后粗糙。
在药材种植养殖方面，近几年最突出的问题是生长激素、化肥、农药、抗生素等滥用情况较为严重。调查发现，在中药材种植区路边的一些商铺外面，赫然写着“销售党参壮根灵”等信息，在田间则多处可见党参壮根灵的空瓶，推测当地广泛施用了党参壮根灵以增加药材产量。施用了党参壮根灵的党参，从地面部分看植株矮小，少花、少果、少籽，根较粗壮疏松。据说党参壮根灵为当地农业科技重点推广项目。当前植物生长素在中药种植中普遍使用，虽然这能使药材产量增加，但是从市面出售的药材价格看（用过植物生长素的药材价格相对低），人们已经认识到使用农药的危害。市场流通的药材中使用过植物生长素的比较多见，但是由于缺乏检测手段，对药材安全性和有效性的研究很少，因此监管几乎是空白，这已成为新的亟待解决的问题。
2. 生产加工不规范
由于缺乏专业人员，从业者法律意识淡薄，基层中药材及饮片往往存在界定不清的现象，虽然药材市场严禁销售中药饮片，但实际上有许多被称为“产地加工片”的药材以饮片的身份经药材市场流通到各地，药材种植基地周边及村镇依然存在非法加工中药饮片的情况。
对异地购入的成批药材通过自行切片、炒制、打粉后，炮制加工成各种“饮片”出售。例如在市场检查中发现，有些农户在家自己炒制药材，甚至存在把发霉变质的药材通过水洗、切制、再烘干销售的违法现象，一些掺伪、染色、增重等造假行为大多出自基层小作坊。
3. 流通经营不规范
按照药品管理法，农村集贸市场可以销售中药材。由于中药材市场未实行药材经营许可管理，允许城乡集贸市场、社会群体组织、单位及个人自由购销中药材。从事中药材经营的药农、药商文化水平、专业知识、诚信观念和法律意识不强，难以管理和规范，使得市场上掺伪造假时有发生，交易的部分中药材质量难以有效控制。
另外，基层中药材流通领域追溯困难。由于中药材既是药品又是农副产品的双重属性，在流通过程中，索证索票难，检查验收难，出现质量问题时，卖方不认账，买方无证据，追溯责任难上加难，使用单位对所购进的中药材生长、采收、流通及贮存等信息知之甚少，因而无法追溯到源头。
4. 临床使用和标准脱节
中药饮片是可直接用于中医临床的处方药，按照规定，医疗机构和使用单位可以使用规范生产的中药饮片。
基层中医临床使用中常见的问题有：
一是药材和饮片不分，特别是一些个体医疗诊所，经常去药材市场采购药材和不规范的“加工片”作为饮片使用。
二是中药材及饮片名称不规范，俗名、别名、不规范名称滥用现象严重。如牵牛子标示为“二丑”，天花粉标示为“花粉”等，甚至还有故意冒充的嫌疑，如用“贝母（四川）”冒充川贝母。
三是存在饮片标准和临床使用脱节现象，如《中国药典》把黄柏分为黄柏和关黄柏两个独立的品种，而中医临床则把关黄柏和黄柏均作为黄柏使用，没有进行明确的区分，但二者的质量标准完全不同，在市场监管时会出现名实不符的现象。类似的品种还有葛根和粉葛、前胡和紫花前胡、五味子和南五味子、金银花和山银花、山麦冬和麦冬等。
（来源：魏锋、马双成 中国医药报）