2009年，以基药制度为杠杆的新医改首先在基层推开。基本药物制度的推出，原本目的是解决老百姓“看病难、看病贵”问题。不过，基药制度在农村的执行过程中，却让村卫生室遭遇尴尬。基药配送不及时、低价基药脱销等现实问题，直接导致村医用药过于局限。村民有点头疼脑热的小毛病到卫生室，有时还会无药可用。
让患者等不起的基药配送
基药制度实施前，医药公司之间的竞争也比较激烈，村医从药品批发公司进购药品，选择余地比较多，而且还非常方便。只要村医急用，哪怕只是一种药品，医药公司都会不分昼夜地送药上门，不仅方便及时，医药公司的服务态度也非常好。
如今，村医只能每月在固定时间向卫生院报送一次基药订货单，再由卫生院向基药配送企业订购。接着，配送企业将基药配送到卫生院，然后再分发到村卫生室。很多地方，由于基药根本就不送货上门，村医只能自己上门去卫生院取药。
由于周转时间过长，配送不及时，有些基药品种常常处于缺货状态。一旦村医无药，很容易就会耽误农村患者的治疗。更多的情况则是，患者根本不愿意等待太长时间，而是直接去卫生院和县医院看病，限制了村卫生室功能的发挥。
另外，由于基药配送机制不灵活，退换货也不方便，村医计划采购的药品经常被随意掉包、更换，甚至串货。很多配送来的基药临床根本用不上，导致部分基药长期积压甚至过期，而有些基药送来后，就已经临近失效期了，这些损失最后都要由村医来买单。基药配送无法根据患者随时的用药需求做出及时反馈和调整，暴露出问题越来越多。
村卫生室常用药消失了
基药改革后，村卫生室常用药品数量也从原来的几百种下降到了不足百种，甚至更少。一旦基药断货，患者就要面临无药可用的尴尬。卫生室药房几乎空了一大半儿，农民常用的药物消失了。村医过去习惯使用的健胃消食片、感康、安瑞克等常用药都不在基药目录内。在药品供应极大丰富的今天，村卫生如今居然会遭遇“用药荒”。
另一方面，部分零差价基药价格并没有变便宜，反而比药店的零售价还要高。比如，常用的消化药“多酶片”，按非基药在医药批发公司采购，每瓶（100片）进购价仅为1.40元；基药价则为每瓶2.20元，药店零售价每瓶只要2.00元钱。
还有部分基药，在进入了基药目录之后，在招标过程中，换个包装摇身一变就会大幅涨价。比如，猴耳环消炎片变身基药之后，进购价从6.3元每瓶一跃上升为11.3元每瓶；20片装的布洛芬缓释片也从5.5元每盒暴涨至10.80元每盒。价格上涨的结果是患者敏感。
村医自掏腰包采购基药
按照政策要求，村卫生室提供服务是公益性质，村医销售基药不能赚取老百姓一分钱。但最近几年，村医购买基药要自己垫付现金，按规定每个村医限管理1,000个居民，村医要自掏腰包购进基药零利润垫付给村民。这直接导致村医负担加重，一些地方出现村医流失问题。
而现状是，医保部门在基础保障方面薄弱，地方财政部门在补助上仍然不到位。村医所垫付的基药款，虽然通过新农合报销能够拿回来。但是，新农合报销回款的时间长短不定，短则几个月，长则半年以上。在等待回款过程中，如果因为报销手续不规范，村医还可能遭遇扣款，甚至被罚款。
总而言之，如果上述问题得不到改善，更多患者则愿意去县医院就医，乡村医生流失的现象也会越来越严重，医疗三级网底的功能将受到极大影响。