台湾地区地理位置特殊，中药材资源有限，对大陆中药材需求量和依存度日益提高。据报道，来自大陆的药材中有6.2%用于生产中药制剂，30%用于食品加工(香料、调味料和保健食品原料)，33.8%用于中药房(中医师方剂、药膳食补方剂和民俗疗法原料)。
但是，随着两岸贸易量扩大，台湾地区技术壁垒不断升级，再加上大陆中药材行业存在的不足以及两岸中药材质量安全标准存在差异，两岸中药材贸易发展必将受到影响。
影响因素 壁垒升级，输台药材风险骤增
近年来，随着对中药材质量安全的日益关注，台湾地区对大陆输台中药材频频出招：2011年起对来自大陆的10种中药材实行源头管理和边境管理，之后各项细化规定接连不断，查验和检测新规日益严苛。
2017年1月1日，施行新的“应施输入查验中药材的相关查验规定”， 涵盖品种由最初的10种增加到30种，相关中药材须按台湾地区的方法和标准实施重金属、二氧化硫、黄曲霉素和农药残留检测，符合要求方准进入。
管控药食两用中药材品目从最初的12种增补到215种，农残监控项目从252个增加到310个，抽查比例有增无减，致使大陆输台中药材的检测成本大增、出口时效锐减。
药材来源复杂，质量难把控
目前，大陆输台中药材仍以外贸经营企业为主。这些企业没有专门的种植基地，接客户订单后，在药材市场采购或直接从小作坊、种植户手中购买产品，原料来源复杂、品种繁多，难以对源头进行监管，质量安全难以有效控制。
主要表现在：一些农户质量意识淡薄，大量使用化肥和农药，导致药材中重金属和农药残留等超标现象时有发生;一些不法商贩采用药材染色、漂白等不良做法，导致台湾地区不断提高检测标准，造成中药材出口形势严峻;大部分中药材来自农户，加工、生产、储藏过程不规范，造成微生物在中药材中生长繁殖，轻者导致中药材质量、有效成分含量降低而影响疗效，重者因霉烂变质危害消费者健康造成经济损失。
由于原料来源复杂，溯源管理困难，检验检疫部门对原料质量安全状况难以全面掌握，仅依据对中药材成品随机抽样后的检测结果来判定产品合格与否，存在一定的风险。
标准存差异，输台药材屡被查
当前，两岸中药材质量安全标准存在较大差异：大陆建立了以《中国药典》为主的中药标准体系，比较重视有效成分的检测;而台湾地区中药检测标准则是按《中华药典》执行，更加重视安全性指标的控制。
同时，大陆《进出境中药材检疫监督管理办法》建立了中药材用途申报制度，对申报为药用的进出口中药材实施检疫监管，对申报为食用的按进出口食品进行监管。但台湾地区在药材入境时并没有要求申报药用或食用，往往把药食两用中药材比照食品安全卫生标准进行管理，对重金属污染、农药残留量的控制按照食品要求进行检测。
以食品标准衡量中药材，容易导致部分中药材重金属、农药残留超标等问题。可以预见，今后会有更多药食两用中药材因安全卫生项目问题在台湾地区“中招”。
改善建议加强交流，统一标准
2010年《海峡两岸医药卫生合作协议》的签署，为两岸中药材合作机制的建立提供了政策支持。两岸中药材进出口企业、检验检疫机构应开展多渠道、多层次、全方位的交流与合作，积极开展两岸实验室数据比对，缩小两岸在检测技术上的差异，加大两岸在中药材相关原材料种植、产品质量和标准研究方面的合作，推动两岸中药材质量标准统一;同时也可探讨建立药用原料中药材与食用中药材的分级管理制度，建立实时沟通、协商渠道和争端解决机制，减少因两岸标准差异引起的技术性贸易障碍。
管理源头，建立示范区
大陆检验检疫部门应充分与各地相关部门合作，建立输台中药材质量安全示范区，将示范区建设作为输台中药材质量安全风险防范的试点和突破口。
在示范区内，鼓励中药生产企业向中药材产地延伸产业链，探索“企业+基地+农户”管理模式，对出口企业和种植基地实施备案管理，建设道地、大宗优质中药材规范化生产基地，解决农户单位种植面积小、基地分散、农残管控不到位、产品质量不稳定等问题。
强化源头质量安全控制，进行溯源管理，同时将检测关口前移，先抽样后报检，提供“集中检测+分批监管放行+逐批出证”的便利措施。这样不仅可以为企业减少检测费用、提高通过速度，还能保障药材质量安全。
完善制度，制定检疫规范
制订输台中药材检验检疫工作管理规范，对输台中药材的检验检疫程序、监督管理等做出科学、详尽的规定，同时在风险评估基础上，参照台湾地区已制定的农药残留、重金属含量等限量标准，确定输台中药材应检测的有毒有害物质种类及其残留限量，为输台中药材检验把关提供标准和技术依据。