金税三期上线以来，有不少一般纳税人的公司被税务局预警后评估稽查，结果不但要交回抵扣的税款，还要受到漏缴税款0.5倍--5倍的罚款，还有每天万分之五的税收滞纳金!!!企业老板纷纷抱怨：税务稽查为什么就落到我们头上?
小编在这里为大家梳理几个重点的稽查方向：
营改增之后，增值税需要缴给国税。目前各地地税局都在思考一个问题：如何对营改增前的营业税做个了断与清算。
1、2002.1.1之前的企业—地税局
2、2002-2009之间企业—国税局
3、2009.1.1之后的企业—跟着主体税种
2017.12.31日前，企业所得税全部将移交到国税局，也就是以后企业所得税都是归国税局管理，因此企业目前也要面临地税局对所得税的清算!
据税总函(2016) 256号文件《关于加强全面推开营改增试点后，涉税风险防范和稽查工作的通知》，今年国税总局选取了3-5个行业重点稽查房地产、建筑、住宿酒店业是虚开发票的重灾区，必然会加强稽查力度。
稽查重点为：对于新老项目划分是否正确进行检查;增值税预缴税款是否正确进行检查;建筑业是否分项目核算以及项目台账的检查;建筑业是否有把简易计税的购进材料抵扣到一般计税的项目中?增值税差额征税的行业扣除项目是否真实?是否存在人为改变老项目计税方式?
比如：建筑企业和房地产公司将营改增前发生的采购行为等到营改增后获得供应商开具的增值税转用发票进行了抵扣。
比如：某公司2016年7月份的通行费发票已经自行抵扣了，但是税务局查到了不允许抵扣?(地税发票可以用到6月30日)
比如：关于收费公路通行费增值税抵扣的政策执行情况(财税〔2016〕86号文件)
比如：
将没有供应商开具盖有发票专用章的销售清单，而开具“材料一批”、汇总运输发票、办公用品和劳动保护用品的增值税专用发票抵扣了进项税金。(根据国税发[2006]156号第十二条的规定，一般纳税人销售货物或者提供应税劳务可汇总开具专用发票。汇总开具专用发票的，同时使用防伪税控系统开具《销售货物或者提供应税劳务清单》，因此，没有供应商开具销售清单的开具“材料一批、汇总运输发票、办公用品和劳动保护用品的发票”，不可以抵扣进项税金。)
再比如：
将用于适用简易计税方法计税项目、非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产和不动产的进项税额从销项税额中进行了抵扣。
虚开虚抵、对开及三流不一致发票
案例：
税务局在稽查企业的时候发现：根据《中华人民共和国发票管理办法》第二十二条的规定，以下三种开票行为是虚开发票行为：(1)为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票;(2)让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票;(3)介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。”
如何规避虚开虚抵增值税发票，注意采取以下应对策略：
1、依据税法的规定，如果不可以抵扣增值税进项税的一般纳税人，收到了增值税专用发票，则有两种策略：一是，如果该张增值税专用发票没有超过开票的当月，则通知对方在增值税开票系统中进行作废，并且将该张增值税专用发票的抵扣联和发票联寄回对方，要求对方重新开具增值税普通发票回来进行入账。二是，如果该张增值税专用发票已经超过开票的当月，则必须将该张增值税专用发票进行认证并抵扣处理，然后进行增值税进项税额处理。
2、严格执行税法的规定，对于不能够抵扣增值税进项税的增值税专用发票，坚决获取增值税普通发票而不索取增值税专用发票。
3、对于销售退回、中止服务或退货业务，依照税法的规定，开具增值税红字发票处理，不可以对开发票进行抵扣增值税进项税。
4、坚决遵守增值税抵扣的三流(资金流、票流和物流或劳务流)合一或四流((合同流、资金流、票流和物流或劳务流)合一的原则。
提醒：
一旦客户发票被税局稽查出有问题，落实了真实情况，发票的确有虚假问题的，税款必须补，罚款可沟通!因为升级后发票明细都存省局和国家局，问题始终存在，拖得时间越长，滞纳金越多，问题越大，罪责越重!
企业财务人员，税务局让写自查报告的时候，一定不要写的太多过多，很容易不打自招!曾经有个企业，在会计的自查报告中整整写了79个税务问题!
后期农产品收购发票下一步也不让自开了，也要列入税务局重点监控，对于农民有多少亩菜地，一年产量多少菜，都要进行备案！
金税三期上线，个人所得税的重大风险早知道，要么改，要么变，要么被发现。
金税三期个人所得税扣缴系统能够获取更多税源信息，能够对纳税信息进行有效整合，从而加强个人所得税的征收管理。地税局将依托该系统，利用市国税局、市工商管理局、市社保管理中心、市住房公积金管理中心、市公安局等部门提供的营业收入、发票开具、股权登记、社保缴费、公积金缴费、户籍登记等信息，重点开展针对以下纳税疑点的核实检查：
(一)工资、薪金所得
1.零申报、小额申报、虚构纳税人、报销个人费用。
2.个人所得税工资薪金所得与企业所得税工资薪金支出、社会保险费缴费基数、年金缴费基数、住房公积金缴费基数不匹配。
3.企业登记员工人数、社保缴费人数、住房公积金缴费人数与实际个人所得税扣缴申报人数不匹配。
4.企业职工福利费、股份支付、管理费用等财务指标与个人所得税扣缴情况不匹配。
5.同一企业的同一纳税人一年内多次适用年终一次性奖金的计税政策。
(二)财产转让所得
企业的个人股东发生股权转让行为，企业未按照《国家税务总局关于发布〈股权转让个人所得税管理办法(试行)〉的公告》(国家税务总局公告2014年第67号)的规定履行相关报告义务，股权受让方未按规定履行股权转让所得个人所得税代扣代缴20%义务。
补充：原来个人有各地不同的收入来源，由于地税系统无法跨城市数据管理使用，以致于我们的12万元申报数据都难以确定，现在共用一个数据库就方便多了，当然，这才是刚开始。
如5月份深圳地税局检查一贸易公司补交印花税450万元;
案例：
税务机关对该辖区内一建筑企业2014至2015年度进行税收风险应对评估，发现该企业非主营项目印花税未及时申报缴纳。存在问题如下：
1、财产租赁合同，该单位2014年度签订房屋租赁合同2份，合计金额为35000元。
2、财产保险合同，该单位2014至2015年度取得车辆保险单据4份，保险费合计金额为8000元。
3、借款合同，该单位2014年签订借款合同3份，合计金额为6000000元。
4、加工承揽合同，该单位2014至2015年度签订加工承揽合同3份，合计金额为80000元。0.05%
5、货物运输合同，该单位2014年度签订货物运输合同5份，合计金额为3000000元。0.05%
6、仓储保管合同，该单位2014年度签订仓储保管合同2份，合计金额为30000元。0.1%
处理结果：
税务机关对该企业作出了补缴印花税1913元、加收滞纳金108元，并处以不缴少缴印花税百分之五十的罚款956.5元的决定。
总局今年要查处100个骗税重点税源，并选取1000个骗税案源交由省局查处。
如股权转让、企业重组的纳税人以及高新技术企业中的“假高新”!
根据《税收征管法》规定，税务机关有权对纳税人、扣缴义务人进行税务检查。税务稽查是专业化的税务检查，其作为税收征管体系的重要组成部分，在“以纳税申报和优化服务为基础，以计算机网络为依托，集中征收，重点稽查，强化管理”征管模式的改革中，随着由传统的税务检查向一级稽查转变，稽查工作的重要性已被广泛认可，充分认识税务稽查的职能和现状，对构建一个科学、规范、高效能的稽查体系，保障征管运行、维护税收秩序、促进经济发展都具有重要意义。但同时也应该看到，由于稽查法制建设的不规范，纳税人的整体纳税意识不高，素质发展的不平衡，以及税务稽查干部的工作水平和敬业精神离工作职责的要求还尚有一定的距离，有待进一步提高。