任何影响药物纯度的物质统称为杂质，ICH Q3A中对新原料药的杂质定义为：存在于新原料药中，但化学结构与新原料药不同的任何一种成分。药品在临床使用中产生的不良反应除了与药品本身的药理活性有关外，有时与药品中存在的杂质也有很大关系。例如，青霉素等抗生素中的多聚物等高分子杂质是引起过敏的主要原因。杂质作为药物的一项关键质量属性，是研发工作的一项重要研究内容。
按杂质的化学类别和特性，可分为：有机杂质、无机杂质、有机挥发性杂质 。杂质谱分析是对药品中各种可能存在的杂质的概貌掌握，通过全面的杂质谱分析，可指引药品制备工艺的开发和优化、质量控制策略的制定；可使杂质检查工作有的放矢，根据不同杂质的特性来针对性的建立检查方法，有助于检查方法的建立和验证。
ICH Q3A 中明确要求：申请人应对原料药在合成、精制和储存过程中最可能产生的那些实际存在的和潜在的杂质进行综述分析。因此，杂质谱分析的对象应是那些最可能产生的工艺杂质和降解产物，而不是工艺中使用的所有物料、试剂的简单罗列，也不是理论上所有可能副反应的简单排列组合。合理的杂质谱分析应建立在对合成所涉及的化学反应、由原料引入的杂质及可能的降解产物进行科学合理评估的基础之上。不仅要关注实际检出的杂质，还需要对潜在杂质存在的可能性进行科学评估，以更有效地指导有关物质检查方法的筛选和建立。
刘念
工艺杂质的分析应基于工艺开发过程中知识和数据的积累，对制备工艺以及所涉及化学反应机理要有深入的理解，要注意分析工艺中杂质的形成、去向 ( 是否可随主成分一同进行后续的化学反应 ) 及清除情况。总之，掌握的信息越丰富，就越容易评估哪些是在终产品中最可能存在的杂质。
对于原料引入的杂质，建议根据供应商提供的制备工艺，对外购起始原料可能引入的杂质进行全面的分析和检测，注意分析起始原料引入杂质在后续工艺步骤中的去向 / 清除情况，结合后续中间体中控实测数据的积累，合理制定起始原料引入杂质的质控策略(源头控制，过程控制，或在终产品中继续关注 )。
副反应杂质建议根据工艺开发过程中掌握的工艺认知、对所涉及化学反应机理的理解以及数据的积累，对各步骤可能产生的副反应杂质进行合理分析，并跟踪其在后续工艺步骤中的去向和清除情况，根据多批次跟踪数据的积累，合理制定各工艺副产物杂质的质控策略。同样，建议重点关注与主成分结构类似、可引入后续反应的副产物杂质。
药典等文献也是杂质谱分析的重要参考，可参考文献中报道的同品种或相同结构类型药物的杂质信息。但需要注意的是，由于合成路线可能不同，不建议简单套用文献报道的工艺杂质，需要结合自拟的合成工艺分析是否可能产生与文献报道一致的杂质。
杂质研究是贯穿于药品研发始终的一项重要内容，杂质谱分析是杂质研究工作的基础，基于杂质谱分析的杂质控制是“质量源于设计”的基本理念在杂质研究与控制中的一种具体实践。