中草药与益生菌联合使用，不仅具有无毒、无害和无污染的特点，而且还通过相互的促进作用加强疗效，促进肠道有益菌群增殖和生长，保持菌群平衡。
中草药有效成分及天然活性前体在消化道经微生物转化后，利于机体吸收，增强机体免疫功能、健脾开胃、促进肠道发育和益生菌增殖等；肠道菌群平衡，分泌各种活性酶，促进中药在肠道的生物转化和吸收，发挥更好的药效，益生菌在消化道内的大量繁殖，拮抗病原菌，减少疾病发生，加强消化道运动，分解饲料中蛋白质，帮助饲料消化吸收，减少粪便中的气味，净化舍内环境，并且提供多种氨基酸，合成蛋白质和维生素，增强机体免疫功能，改善宿主机体的各种生理功能，达到防病治病、促进生长和健康养殖的目的，为养殖业创造更大的经济效益。
自古以来，中草药就用来治疗各种疾病，中草药来源于天然植物，成分复杂，含有多糖、生物碱、苷类、挥发油和鞣质等大量活性成分，具有多种药理作用，如清热解毒、止咳平喘、祛痰利咽、补中益气、健脾开胃、活血化瘀、涩肠止痢、保护肠道粘膜和增强免疫力等。传统中药体外主要在炮制、煎煮过程等方面具有一定变化，同时进入机体后也会发生动态变化，这个变化包括了药物吸收、分布、代谢、排泄等几个过程。第一个过程就是经口服进入消化道，在消化道内被消化液和机体细菌吸收代谢，肠道菌群的微小变化都可以对药物的药效产生很大影响。
益生菌具有维持动物消化道内微生物的良好平衡，提高饲料利用率，防治疾病，提高动物的生产力的作用，且无毒、无残留和无污染。常见的益生菌是乳酸菌、双歧杆菌、芽孢杆菌、嗜热链球菌等几大类。
许多中草药特别是补中益气类中草药，如黄芪、甘草等，能促进有益菌生长。中草药多成分体系中，除含有大量具有药理作用的活性成分外，还含有蛋白质、脂类、微量元素和维生素等营养成分，为益生菌的生长提供多种营养，增加肠道益生菌(如乳酸菌、双歧杆菌等)的数量和种类，在维持机体微生态环境的平衡中起到了关键作用。中草药活性成分为益生菌的增殖扫清障碍，抑制有害菌的生长和增殖，蛋白质、脂类、微量元素和维生素等营养成分促进肠道有益菌的快速增殖。因此，中草药各种成分不仅不能被有害菌利用，而且还能抑制或杀灭它们，促进肠道有益菌生长。
从生态学角度来讲，小肠绒毛和隐窝是正常微生物生存的环境，即生境。生境一旦遭到破坏，不再适宜生理性细菌生长繁殖，生理性细菌便减少，菌群间的平衡失调，造成正常菌群的营养作用、免疫功能和对致病菌的拮抗作用下降。中草药制剂能够通过改善生理性细菌的生境，维护正常菌群的平衡与稳定，从而对致病菌起到拮抗作用。