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我院儿童疾病诊疗中心是综合了儿科、新生儿科、小儿外科、儿童预防保健、儿童重症监护（PICU）、新生儿重症监护区（NICU）、南宁市儿童先天性心脏病研究所的学科平台，是一个集儿童诊疗、康复、生长发育和预防保健于一体诊疗中心。诊疗中心设置儿科床位数180张，其中儿科重症监护室（PICU）12张、新生儿科及新生儿重症监护室（NICU）30张、南宁市儿童先天性心脏病研究所设置病床15张，儿童先天性心脏病监护室3张；配备医护人员150人，其中主任医师2人,副主任医师12人，副主任护师1人，主管护师8人。

2016年我院儿科各学科门诊共接诊儿童125103次，日均诊疗406人次，全院收治儿童患者住院8271人次。我院作为国家先天性心脏病救助定点手术单位和南宁市儿童先天性心脏病研究所，很早就与中国红十字会广西分会合作开展“救心行动”。2010年至今，共救治了65例国家“两病”先天性心脏病患儿；2013年至今，通过“救心行动”救助14岁以下先天性心脏病患儿及农村贫困风湿性心脏病换瓣病人66人。