康熙二十二年（1683年），仓央嘉措出生在藏南门隅达旺纳拉山下的宇松地区邬坚岭一信奉藏传佛教宁玛派红教的家庭，父亲扎西丹增，母亲次旺拉姆。仓央嘉措的本籍是门巴族。仓央嘉措是唯一一位非藏族或蒙古族出身的达赖喇嘛。仓央嘉措原名计美多吉协加衮钦，自幼随母亲劳动。但是早在康熙二十一年（1682年）二月二十五日的时候，在刚刚重建竣工的布达拉宫里，五世达赖罗桑嘉措圆寂，他的亲信弟子桑杰嘉措，为了继续利用五世达赖的权威掌管藏传佛教格鲁派（黄教）事务，秘不发丧，向外界宣布，达赖喇嘛已“入定”，进行无限期的修行，静居高阁，不见来人，一切事务均由“第巴”负责处理。在藏语里，第巴的意思是由达赖任命、管理卫藏行政事务的最高官员，俗称“藏王”，当时的第巴就是桑杰嘉措。桑杰嘉措一面欺瞒僧侣民众和康熙皇帝，一面迅速派人到民间寻找转世灵童，这样，日后一旦真相败露，也能马上迎六世达赖入宫。寻找转世灵童的地点，选在了西藏南部门隅纳拉山下，这里偏僻、安定，容易保守秘密，并且那里的人们大多信奉红教，即藏传佛教的宁玛派，诞生一个黄教教主出来，将有利于黄教势力的扩大。按照当时黄教的规矩，哪个婴儿抓取了前世达赖的遗物，即证明是达赖转生。一名叫仓央嘉措的农奴之子就这样被选中，但桑杰嘉措的使者并没有把意图告诉孩子的父母。

康熙二十四年（1685年），桑杰嘉措找到仓央嘉措。

康熙三十五年（1696年），康熙皇帝在平定准噶尔的叛乱中，从俘虏那里偶然得知西藏五世达赖已圆寂多年。蒙古准噶尔部的首领是噶尔丹，他早年赴西藏“投达赖喇嘛，习沙门法”，与当时正在学习的桑杰嘉措过往甚密。两人分别执掌蒙藏大权后，桑杰嘉措一直期望联合噶尔丹的部队增强黄教的实力。因此准噶尔部的俘虏才知晓拉萨的内幕。康熙十分愤怒，致书严厉责问桑杰嘉措。桑杰嘉措一面向康熙承认错误，一面派人去门巴迎接转世灵童。

康熙三十六年（1697年），仓央嘉措被选定为五世达赖的“转世灵童”，此时仓央嘉措已14岁。时年九月，自藏南迎到拉萨，途经浪卡子县时，以五世班禅罗桑益喜（1663—1737年）为师，剃发受沙弥戒，取法名罗桑仁钦仓央嘉措。同年十月二十五日，于拉萨布达拉宫举行坐床典礼，成为六世达赖喇嘛。