在肉鸡饲养过程中，在进鸡前鸡舍的清理消毒工作是非常重要的环节，做好消毒工作，就取得了成功的一半。其程序如下：
① 饲养结束，鸡只卖出空栏，移出鸡舍内料桶，饮水器等用具，空出鸡舍。
② 用清水高压冲洗屋顶，墙壁，使水打湿地面及垫料。
③ 清除鸡粪及垫料（由于先用水冲洗，使鸡粪及垫料潮湿，因而在清扫过程中没有尘土飞扬，从而减少环境污染）。
④ 再用清水或带消毒药的水冲洗，从上到下，仔仔细细，做到无死角，不留尘土。
⑤ 待干燥后，用2%烧碱水由屋顶至地面冲洗，并保留半至壹天，后用清水冲洗，此过程可重复一次。
⑥ 用石灰水将里外墙涂刷一遍，尤其对裂缝处要涂刷严实，鸡舍外周围环境也可铺洒石灰。
⑦ 用5%福尔马林溶液喷洒墙壁、地面。
⑧ 料桶、饮水器的清洗消毒：将以上用具浸泡在2%的碱水中一天，取出后用清水冲洗干净，再用戊二醛消毒剂等消毒液的消毒清洗，然后置室外晒干备用。
⑨ 待鸡舍干燥后，地面铺上干燥，清洁的垫料，将清洗消毒干净的料桶、饮水器等用具移进鸡舍，摆放到位后，密闭鸡舍。
⑩ 用福尔马林加高锰酸钾熏蒸，按每立方米空间用福尔马林42ml，高锰酸钾21g的量使用，一般鸡舍密闭24小时后通风，散尽福尔马林气味，做好升温工作，准备接鸡。
发病鸡舍消毒程序
1、鸡舍封闭，禁止无关人员进入。
2、垫料用强消毒液喷洒消毒，整个区域不能与其它鸡接触。
3、随后垫料移到舍外烧或埋，不能与鸡群接触。
4 可移动的设备和用具先消毒后，再移到舍外日晒。
5、以下鸡舍消毒步骤与无病鸡舍消毒步骤2-10相同。