立具有自身特色的经营模式，优化商品结构一直是零售药店所期望达成的目标。但由于商品结构不像其他问题（如卫生、服务、价格等）那么显而易见，而相对具有隐蔽性，因此，商品结构的好坏，须经过数据分析或调查才能得出结论。
简单地说，商品结构由商品的广度、深度、关联度以及内部比例构成。其中，广度体现的是商品线的丰富性和多样性，主要以不同的功能来实现，而功能区别较大的不同品种之间并不产生价格竞争，如感冒药和妇科药；深度体现的是商品线的可选择性和重复性，商品本身即具有价格竞争性，因此需要以价格带的方式来体现不同的价格层次，形成互补；关联度是从消费者购物习惯的角度出发，通过不同商品间的销售互补来改善顾客的客单水平；内部比例则体现的是不同经营管理需求下的策略体现。商品结构优化通过对商品各销售要素的分析，从而合理地调整各商品的构成，以达到在SKU（单品）总量控制的情况下，增加商品的多样性，减少商品的重复度，提升顾客购物满意度的目标。
在实践中，常见的商品结构优化包含五个步骤，分别是：功能结构优化、品牌结构优化、价格带结构优化、销售结构优化、库存结构优化。
步骤1：优化功能结构
简单地说就是优化商品的广度，这也是零售药店的市场营销思维。尽管不同业态的门店在广度上会有一定的不同，但即便是较小的门店也应该尽量细化商品广度，从而更好地开发现有市场的价值。如对某药店的结构调整中，首先针对感冒药品重复度高、商品数量多的现状进行功能结构的细化，在传统的风寒感冒、风热感冒、暑湿感冒等细分类的基础上，增加了感冒预防和缓解症状两个细分类。其次，在传统的商品功能分类上，一直注重两个特殊人群的用药，即妇科用药和儿科用药，但伴随着消费市场的变化，针对男性功能方面的商品在这几年内迅速增加，如万艾可、金戈、玛咖等，以此建立起特有的男性用药分类，拓展新兴市场。此外，针对高血压病患者，传统用药只侧重于降压、稳压，而忽略了中风后遗症和糖尿病并发症存在较多的潜在顾客，对于这类型的顾客，需要增加这两个细分类别，从而尽量满足商圈内更多顾客的消费需求。
步骤2：优化品牌结构
一般来说，领导品牌重在门店形象的塑造和客流的吸引，跟随品牌侧重于快速走量和创造利润，补充品牌在于补充商品线，形成“长尾”。因此，不同品牌的商品应形成合理的品牌结构，以满足不同顾客、不同营销思维的需要。品牌的选择可根据消费者需求、竞争对手和供应商资源进行综合选择，并考虑该分类在业态的角色，同一小分类中的品牌数量根据营业面积和小分类的销售情况进行合理控制。一般遵循的原则是：同一小分类中供应商数量大于1，但品牌数量需小于10（包括领导品牌、跟随品牌、补充品牌）。其中当领导品牌数量较多时，应优先选择在本地市场中最具号召力的品牌。
步骤3：优化价格带结构
指在小分类中价格层次的分布，合理的价格设置不仅能让顾客感觉商品丰富，也能促使此类商品实现销售最大化。
一般优化的三个步骤为：确定价格带、找出主力价格带、进行价格带的优化。总的来说，在一个小分类中至少有一个超低价位单品，该商品为卖场中最便宜的商品并有合理的品质。如在某药店的价格带实施中，发现胃炎用药类中：低价格带在4.7区间和8.6区间的品规数相同，销售数量呈下降趋势；中低价格带的品规数量少，销售较平缓，没有明显波动；高价格带从18.5价格区间往上走销售数量呈下降趋势。而本类别价格重心为13.6，属于中低价格区间。药店经理针对此现象做出了调整建议：低价格带引进一个针对某负毛利商品的低价高毛品种、中低价格带调整某商品的主推级别，以促进销售；在8至14.6区间需引进一个在此类当中用药较广的主推品种，用以提高此价格带商品销量（如某胃康灵胶囊为针对另一竞价产品做出价格调整，由8.9元降为8.5元）；高价格带则暂不需要调整。
步骤4：优化销售结构
指遵循销售的20/80法则进行商品销售集中度的分析和优化，每个品类都有自己的20商品。除了大分类外，还要研究中分类，通过20/80的分析，确定门店的20商品和重点品类。如果目前门店销售的80％是由超过20％的商品做到的，则说明因价格、陈列或库存的影响导致促销商品销售不足，或者门店不具备价格形象、无价格竞争能力、重点商品缺货、订货到货有问题等。如果目前门店销售的80％是由不足20％的商品做到的，说明门店有较多的不动销商品或滞销品，或者低价格的促销商品销量大，对毛利可能有影响等。
步骤5：优化库存结构
指依据商品的销售情况和周转情况来判断商品库存的合理化程度。一般说来，A类应维持最大库存量；B类仅保证安全库存量；C类商品仅仅维持最小库存量或总仓中不留库存，而采取月度统一购进、分配的方式。通常的策略是：①不允许缺货商品：指根据门店定期销售分析，在门店销售占比和销售次数中均占主要地位，并有较高周转率的商品。因其一旦缺货将对门店的业绩造成明显影响，所以为保证门店到货的及时性，一般建议在仓库进行适当的库存储备，并提前于门店的请货时间进行采购补仓；②允许缺货商品：指根据门店定期销售分析，在门店销售中影响相对不明显，但为了保证门店的经营和服务范围，应保留并经销的商品。因其周转率相对较低，建议库存主要存储于门店，不在仓库设立库存，但应该及时关注门店商品的动销和积压状况。同样，在库存结构分析和优化中，也应该结合各品类的情况来实施，通过改变订货方式、门店催促销、增加或淘汰单品、改变单品激励方式等方法来合理化库存结构。