药品目录分为凡例、西药、中成药及中药饮片四部分。
西药部分和中成药部分所列药品为基本医疗保险、工伤保险和生育保险基金准予支付费用的药品，共2535个，包括西药1297个，中成药1238个（含民族药88个）。其中仅限工伤保险基金准予支付费用的品种5个；仅限生育保险基金准予支付费用的品种4个。西药部分包括了化学药和生物制品，中成药部分包括了中成药和民族药，中药饮片部分采用排除法规定了基金不予支付费用的饮片。
收载的西药甲类药品402个，中成药甲类药品192个，其余为乙类药品。基本医疗保险基金支付药品费用时区分甲、乙类，工伤保险和生育保险支付药品费用时不分甲、乙类。国家免费提供的抗艾滋病病毒药物和国家公共卫生项目涉及的抗结核病药物、抗疟药物和抗血吸虫病药物，参保人员使用且在公共卫生支付范围的。
西药部分
消化道和代谢方面的药物
血液和造血器官药
心血管系统
皮肤病用药
泌尿生殖系统药和性激素
除性激素和胰岛素外的全身激素制剂
全身用抗感染药
抗肿瘤药及免疫调节剂
肌肉-骨骼系统药物
神经系统药物
抗疟药
呼吸系统
感觉器官药物
杂类
中成药部分
内科用药
外科用药
肿瘤用药
妇科用药
眼科用药
耳鼻喉用药
骨伤科用药
皮肤科用药
民族药
三、中药饮片部分
（一）单味或复方均不支付费用的中药饮片及药材白糖参、朝鲜红参、玳瑁、冬虫夏草、蜂蜜、蛤蚧、狗宝、海龙、海马、红参、猴枣、琥珀、灵芝、羚羊角尖粉、鹿茸、马宝、玛瑙、牛黄、珊瑚、麝香、西红花、西洋参、血竭、燕窝、野山参、移山参、珍珠（粉） 、紫河车 各种动物脏器（鸡内金除外）和胎、鞭、尾、筋、骨
（二）单味使用不予支付费用的中药饮片及药材
阿胶、阿胶珠、八角茴香、白果、白芷、百合、鳖甲、鳖甲胶、薄荷、莱菔子、陈皮、赤小豆、川贝母、代代花、淡豆豉、淡竹叶、当归、党参、刀豆、丁香、榧子、佛手、茯苓、蝮蛇、甘草、高良姜、葛根、枸杞子、龟甲、龟甲胶、广藿香、何首乌、荷叶、黑芝麻、红花、胡椒、花椒、黄芥子、黄芪、火麻仁、核桃仁、胡桃仁、姜（生姜、干姜） 、金钱白花蛇、金银花、橘红、菊花、菊苣、决明子、昆布、莲子、芦荟、鹿角胶、绿豆、罗汉果、龙眼肉、马齿苋、麦芽、牡蛎、南瓜子、胖大海、蒲公英、蕲蛇、芡实、青果、全蝎、肉苁蓉、肉豆蔻、肉桂、山楂、桑椹、桑叶、沙棘、砂仁、山药、生晒参、石斛、酸枣仁、天麻、甜杏仁、乌梅、乌梢蛇、鲜白茅根、鲜芦根、香薷、香橼、小茴香、薤白、饴糖、益智、薏苡仁、罂粟壳、余甘子、鱼腥草、玉竹、郁李仁、枣（大枣、酸枣、黑枣） 、栀子、紫苏
注：本目录所列药品均包括生药及炮制后的药材及饮片