一、优点
1.实行“两票制”能有效减少药品从药厂到医院的流通环节，不仅优化了药品购销秩序，还提高了药品流通效率。
2.实行“两票制”减少了药品流通过程中的利益分配环节，避免了药品在各环节的层层加价，可以从源头上治理长期困扰医药卫生行业的药品价格虚高、商业贿赂屡禁不止等问题。
3.两票制使得药品来源可追溯，防止假冒药品流入医院，保证了用药安全。同时还原真实药价，防止“过票、洗钱”、税收流失和医生拿回扣。
二、缺点
1.实行“两票制”以后，以招商为主的生产企业、以代理为主的商业企业、医药自然人都会面临前所未有的冲击，传统代理制销售的模式也会生变。两票制的实施意味着一次药品经销行业的“大洗牌”。大型药品经销商对于政策实施比较乐观，但中小型经销商，早已着手开始各自转型之路——中型经销商开始扩充设备场地，提高竞争力；小型经销商则已经开始考虑转行。
2.“两票制”政策可能会将流通环节的药品加价倒逼到生产企业的出厂环节，比如一些药品生产企业采取“高开高返”的销售佣金制应对“两票制”政策对中间流通环节加价的限制。
3.对药企而言，“两票制”意味着成本增加、区域代理商功能弱化，生产企业管理成本增加。按照现有的药品供销模式，生产企业将必须在每一个市县都派驻商务人员，负责药品发货和回款。原本可以外包给代理的工作量，将被加注到药企身上。
4.对医院来说，其对接对象将从几家商业公司变为数百家药企，工作量的增加也可以预见。
5.“两票制”取消的是药品流通环节中“回扣”最多的部分，不可避免的是，随着回扣降低，将进一步导致医生流失问题。对医生来说，药品生产企业通过配送让利，是医疗机构获取“二次议价”最常规的方式。洗牌产业链中不合规中小型经销商，无疑进一步抑制以药养医：“在这种情况下，医生出走组建医生集团，或进入私立医院的情况将可能加剧。
三、应对策略
如果希望“两票制”实施后，药品价格不会虚高，还要切实管住、挤出以往药价虚高的末端——药品进医院过程中的招标，医院、科室、医生等的明扣或暗扣成分。这需要有关方面加大对医院和医生的医疗腐败监管的力度，切实堵住药品在招标采购和进医院过程中相关腐败成本的明显增加。
此外，实施“两票制”，尽管能够倒逼药企、代理商等转变经营思路和模式，尽可能实行直销等模式，也能最终降低药价作用，利惠患者和社会，但若要让这样的利好尽早惠及患者，政府等有关方面还应该在自身范围内做好药企、药品代理商等转变经营思路和模式的引导和扶持工作，一定程度上还应出台一些专项优惠扶持、资源优惠供给等政策，帮助这些企业加速转型。
总之，实施药品销售采购“两票制”，再次迈出了切实降低药价利惠社会的有效一步，但这一政策的落地，无疑还有很多基础工作要做。要切实管好药企经营成本调查与公布、药品进医院等过程中的腐败成本，剔除这“两头”，同时“卡住”药企、药品代理商等经营转型这一关键中间环节，只有如此，实施“两票制”后的药品价格，才是没有水分的价格，才是对患者最有利的价格。