抗生素在饲料中应用不当会产生不良影响，如何科学合理地应用抗生素，以充分有效地发挥抗生素的积极作用，尽可能地避免和降低抗生素的不良影响，主要措施是：
1、合理地选用品种。抗生素种类繁多，在饲料中应用的作用和副作用各不相同，合理选用抗生素是应用好抗生素的前提，也是提高抗生素使用效果，降低副作用的重要因素。农业部发布的《饲料药物添加剂使用规范》中就明确规定了可在饲料中长时间使用的抗生素品种和可用于防治疾病，通过混饲给药的抗生素品种。因此，在饲料中应用抗生素就必须选用规定中允许的品种，未经批准的药物特别是人类专用的抗生素不能选用，土霉素和金霉素等人畜共用抗菌素虽然未禁止使用，也要尽可能少选用，特别是动物生长后期不要选用。禽畜专用抗生素是专门研制、开发应用于动物的品种方面，作用效果较为显著，且残留量低，不易产生耐药性，是作为饲料添加剂较理想的品种，如杆菌肽锌、黄霉素等都是优先选择的药物。选用抗生素时还应根据动物的品种、生长阶段以及饲养环境等因素综合考虑，不能盲目选用高档以及进口的药物。市场上的同一饲用抗生素添加剂均有不同的商品名，在选用抗生素时应首先了解其有效成分及有效含量。
2、适当使用剂量。抗生素的使用剂量对其作用效果影响较大，抗生素在饲料中的应用一般只是作为防病促生长刑，而不是作为治疗药物。因此，应科学和慎重地确定其使用剂量，添加量过少，达不到一定的药物浓度，对病原微生物起不到最低的抑制和杀灭作用，因而达不到相应的防病和促生长效果；但用加量过大，作用效果则可能适得其反，还可能造成动物体内的微生物菌群严重失调，引起消化紊乱，并可能产生内中毒以及给疾病治疗带来困难等后果。因此，应严格控制抗生素的使用剂量，适量地添加抗生素是用好抗生素的关键，但抗生素的使用剂量不是一成不变的，应根据应用对象及其生理阶段，饲养场所以及季节区域等实际因素灵活确定。
3、科学的用药方案。同一环境中连续使用同一抗生素时，其促生长效果明显下降，长时间使用一种抗生素容易产生耐药性，降低作用效果。要提高抗生素的作用效果，就必须制定一个科学的用药方案。常用的用药方案有轮换用药、穿梭用药以及综合用药等。轮换用药是使用一种抗生素一定时间后，换用另一种抗生素，一般应有几种以上的药物轮换，且轮换的药物相互之间不能有交叉耐药性；穿梭用药是在动物的不同生长阶段应用不同的药物；综合用药就是在动物的不同生长阶段应用不同的药物，一定时间后再分别换用其它药物，也是综合轮换用药和穿梭用药。综合用药能较大限度地提高抗生素的作用效果和降低不良作用，是较为有效的用药方案。制定用药方案还应结合不同的抗生素品种，不同的动物品种、各生长阶段的特点、区域季节以及饲养环境等因素综合考虑。
4、谨慎地联合用药。联合使用抗生素能扩大抗菌谱，增强抗菌作用，抗生素相互之间有四种作用，即相加作用、协同作用、颉颃作用和无关作用。联合使用抗生素就必须选择抗生素相互之间有相加作用或协同作用，而不能有无关作用和颉颃作用。动物的育龄期和病弱的禽畜联用抗生素，可增强动物的抗病能力，而生长发育正常的动物使用一种抗生素一般就能起到明显的促生长效果，因而不提倡联用抗生素。联用抗生素虽然增强了抗菌作用，但抗生素的残留量增大，病原微生物的抗药性增强及微生物平衡体系破坏加重，因此抗生素的联用要特别谨慎为好。
5、严格的停药期。停止应用抗生素一段时间，动物体内残留的抗菌素可相继排出体外，加上药物自身半衰期的作用，残留在动物体内的抗生素可大大地减少，因此，在动物上市前一段时间、产蛋期和泌乳期间应停止使用抗生素或使用没有停药期的抗生素，可大大降低抗生素在动物体内的残留量，从而提高禽畜产品的卫生性和安全性，目前国内很多禽畜产品药物残留超标就是因为没有严格执行抗生素的停药期而发生的。如果合理地应用抗生素并严格执行停药期，一般情况下应该不会发生药残超标。
6、先进的混合工序。抗生素的使用剂量一般每吨饲料中只有几克至几十克，因此，使用前一定要进行稀释预混，降低药物浓度，以确保药物在饲料中能混合均匀，保证药物均匀地发挥作用效果，并有效避免混合不均匀产生药物中毒而造成的质量问题，从而也可有效地避免和减少药物残留超标的发生。要对抗生素进行较好稀释就必须有先进的混合工序，一个先进的混合工序包括选用性能较好的混合机、根据药物选择适用的载体、正确的混合程序、充足的混合时间，科学的检验方法以及严格的管理监督措施等。
抗生素作饲料添加剂的应用前景
近年来，随着科学的发展，人们对健康意识的不断增强以及抗生素可能产生的副作用的不断认识，从保护健康与环境出发，不同的国家，尤其是经济发达国家对抗生素饲料添加剂的使用作了不同的限制。瑞典在1996年就开始禁止在猪饲料中使用抗生素促长剂，以望为消费者提供“天然的猪肉”；美国对饲料中使用抗生素的反应不如欧盟国家强烈，但采纳了欧盟国家禁用抗生素的积极方面，由美国FDA、疾病控制和预防中心、农业部协作成立了国家抗生素的抗药性检控体系，一旦发现耐药性产生，便启动相应的法律禁止使用。我国已制定发布了《饲料药物添加剂使用规范》规范抗生素饲料添加剂的使用。由此可见，限制抗生素作饲料添加剂，是生产安全食品的需要，是发展的大趋势，但全面禁用抗生素将很难做到。
主要依据有：
❶ 随着科技的不断发展，人们将会不断开发出高效、副作用小，甚至无副作用的抗生素供生产上使用，从当初的金霉素到现在的黄霉素及天然抗菌素的开发利用就是一个有力的说明。
❷ 从抗生素饲料添加剂对养殖业产生的效益看，除非开发出具有与抗生素功能相当的替代品或出于某种需要，否则禁用将是得不偿失，弊大于利。从瑞典政府禁止猪饲料中使用抗生素，导致猪的腹泻发病率普遍上升，生长速度减慢，治疗所用药物量远远大于禁令前的使用量，其后果足以说明禁用的代价。
❸ 目前也还没有足够的证据支持禁止抗生素饲料添加剂的使用。有专家指出，病原菌的抗药性在世界各地都有发现，并不仅限于使用抗生素作生长促进剂的动物集约化养殖区。并指出大量的证据和临床经验证明，病菌的抗药性与人类疾病时抗生素的使用和滥用有关。综合分析认为，抗生素作饲料添加剂，前景是广阔的，且有专家预测，在未来的10—20年内，抗生素在饲料添加剂中仍会占有重要的地位。但今后饲用抗生素发展的趋势是将向高效和低残留的动物专用抗生素方向发展，且更科学地规范对每种饲用抗生素的适用对象、使用剂量、使用期限等应用技术。同时对饲用抗生素的研制、生产、销售、应用以及检验等各环节将有专业化和规范化的法律条文和管理机构来管理和监督，确保饲用抗生素的科学应用并有效地降低其负面作用。