一、从感染病原和临床特征上进行鉴别
1、仔猪黄痢：是由致病性大肠杆菌引起的一种急性、致死性疾病，临床上以腹泻、排黄色或黄白色粪便为特征。
2、仔猪白痢：是由致病性大肠杆菌引起的一种急性肠道传染病，临床上以排灰白色、腥臭、糨糊状稀粪为特征。
3、仔猪红痢：是由C型产气荚膜梭菌引起的一种高度、致死性的肠毒血症，临床上以血性下痢、病程短、病死率高、小肠后段的弥漫性出血或坏死性变化为特征。
4、猪痢疾：是由致病性猪痢疾蛇形螺旋体引起的一种肠道传染病，临床上以大肠黏膜发生卡他性出血性炎症，纤维素坏死性炎症，粘液性或粘液出血性下痢为特征。
5、猪传染性胃肠炎：是由猪传染性胃肠炎病毒(属冠状病毒)引起的一种高度接触性肠道疾病，临床上以呕吐、严重腹泻和脱水为特征。
6、猪流行性腹泻：是由猪流行性腹泻病毒(属冠状病毒)引起的一种急性接触性肠道传染病，临床上以呕吐、腹泻和脱水为特征。
7、仔猪副伤寒：是由沙门氏菌引起的一种疾病，临床上以败血症、肠炎、使怀孕母畜发生流产为特征。
8、猪轮状病毒病：是由轮状病毒(属呼肠孤病毒)引起的一种急性肠道传染病，临床上以腹泻和脱水为特征。
9、猪球虫病：是由球虫引起的一种疾病，临床上以水样或脂样的腹泻为特征。
二、从流行病学上进行鉴别、
1、仔猪黄痢：最容易发生于1～3日龄的仔猪，个别仔猪在生后12 h发病。发病率与病死率较高。
2、仔猪白痢：多发生于10～30日龄的仔猪，发病率中等，病死率低。
3、仔猪红痢：主要侵害1～3日龄的仔猪，1周龄以上仔猪很少发病，发病率高，病死率低。
4、猪痢疾：各种年龄的猪和不同品种猪均易感，但7～12周龄的小猪发生较多。本病流行无季节性，持续时间长。
5、猪传染性胃肠炎：10日龄以内仔猪病死率高，5周龄以上猪的死亡率低，成年猪几乎不死。一般多发生于冬、春季，发病高峰为1～2月份。
6、猪流行性腹泻：各种年龄的猪都感染，哺乳仔猪、架子猪或肥育猪的发病率高。本病多发生于寒冷季节，以12月和翌年1月发生最多。
7、仔猪副伤寒：常发生于6月龄以下的仔猪，以1～4月龄者发生较多。本病一年四季均可发生，在多雨潮湿季节发病较多。
8、猪轮状病毒病：多发生于8周龄以内的仔猪。本病在晚秋、冬季和早春季节多发。
9、猪球虫病：主要危害初生仔猪，1—2日龄感染时症状严重。
三、从临床症状和病理变化上进行鉴别
1、仔猪黄痢：排出黄色浆状稀粪，内含凝乳小片，很快消瘦、昏迷而死。胃肠道膨胀、有多量黄色液体内容物和气体，肠黏膜呈急性卡他性炎症，小肠壁变薄。
2、仔猪白痢：粪便呈乳白色或灰白色，浆状或糊状，腥臭、粘腻。肠黏膜有卡他性炎症病变。
3、仔猪红痢：排出血样稀粪，内含坏死组织碎片。空肠呈暗红色，肠系膜淋巴结鲜红色，脾边缘有小点出血，肾呈灰白色。
4、猪痢疾：食欲减少，粪便变软，表面附有条状粘液，以后粪便黄色柔软或水样，直至粪便充满血液和粘液。大肠黏膜肿胀，并覆盖有粘液和带血块的纤维素，分泌物软至稀薄，并混有粘液、血液和组织碎片。
5、猪传染性胃肠炎：仔猪粪便为黄色、绿色或白色，可含有未消化的凝乳块。成年猪有呕吐、灰色褐色水样腹泻。胃底黏膜充血、出血，肠系膜充血，淋巴结肿胀，肠壁变薄呈半透明状。
6、猪流行性腹泻：水样腹泻，严重脱水，精神沉郁，食欲减退。小肠扩张，内充满黄色液体，肠系膜充血，肠系膜淋巴结水肿，小肠绒毛缩短。
7、仔猪副伤寒：耳根、胸前、腹下及后躯部皮肤呈紫红色，粪便恶臭，呈淡黄色或黄绿色，并混有血液、坏死组织或纤维素絮片。脾肿大、质地较硬，呈暗紫红色，全身淋巴结充血、肿胀，肠系膜淋巴结肿大呈索状。
8、猪轮状病毒病：粪便水样或糊状，色暗白或暗黑。胃壁弛缓，内充满凝乳块和乳汁，小肠壁菲薄，广泛出血，肠系膜淋巴结肿大。
9、猪球虫病：水样或脂样腹泻，粪便从淡黄到白色，恶臭。纤维素性坏死性肠炎，局灶性溃疡。