引起肠道健康失衡的主要原因:肠道健康失衡是一个比较宽泛、笼统的概念，它可以由许多因素和病原引起，各有各的特征。
饲料与管理因素使用了劣质饲料，除了营养不均衡和吸收率差外，其中的粗纤维含量可能也会超标。也有的因为添加了劣质原料，破坏了肠道内环境，损伤肠粘膜乃至发病。肉鸡饮用了污浊的水源，会破坏鸡的肠道内环境，进而发生细菌或功能性腹泻。在肉鸡生长的不同时期，需要更换不同的饲料。而在更换饲料时过急过快，造成饲料应激，就会引起鸡的肠粘膜损伤，出现应激性腹泻。环境卫生差，消毒没做好，垫料潮湿，都很容易诱发肠道疾病。
疾病因素
(1)肠道菌群失调。肉鸡肠道菌群失调，临床上主要表现为泡沫盲肠粪便、橙色粪便和大滩盲肠粪便;鸡只可能存在“勾料”(将颗粒饲料甩出料盘)， “料粪”(粪便中出现未被消化的饲料);饮水量增加。发生菌群失调时，肉鸡生产性能或不受影响，或使采食量减少，进而影响生长;脚病较常见。使用抗生素药物后，有时稀便可恢复正常，但以后的整个生长期内仍然易感，不能形成永久免疫力，病因不除，仍会复发。
(2)病毒性因素。病毒性肠炎，多与轮状病毒和呼肠孤病毒有关。
(3)球虫病。在肉鸡的整个养殖过程中，球虫病一直是最普遍的影响肠道健康和生长效率的重要疾病之一，而感染球虫后所引发的肠道病原菌感染，也是引发肠道疾病的重要原因。
(4)坏死性肠炎。引起坏死性肠炎的因素很多，但产气荚膜梭状芽孢杆菌是导致坏死性肠炎的一种普遍存在的厌氧性微生物。当肉鸡感染亚临床型球虫病，饲料中淀粉和蛋白质的含量过高，使用部分小麦、大麦和燕麦等代替玉米作为能量饲料等情况下，产气荚膜梭状芽孢杆菌能在肠道中繁殖，产生毒性较强、肉鸡敏感的α毒素而致病。
(5)霉菌毒素蓄积性中毒。霉菌毒素正在逐步加重对我国肉鸡的威胁。霉菌的污染，一般多见饲料、环境的污染。饲料污染最常见的是玉米的污染，其次是豆粕、杂粕的污染，然后是食槽内的污染和成品料的污染。霉菌及其毒素的污染，对鸡的各个系统各个组织都能造成损害，尤其是消化系统。如肌胃溃烂、腺胃肿大、肠粘膜脱落、肠道菌群失调等;临床表现就是拉稀、拉不消化饲料粪便。我国养鸡行业中流行的腺胃炎、肌胃腺胃炎，基本上都是由目前霉菌及其毒素引起的。但是，由于饲料霉变因素无法彻底排除，因而商品肉鸡要经常面临肠道不健康，消化系统功能不全的现状。