益生菌制品主要是用于应激条件下的畜禽或用于促生长及防治疾病。例如在养猪生产中，益生菌制品的主要用途是在3个关键阶段，即初生、断奶和刚进入生长发育期时用来预防肠道疾病，另外在哺乳母猪中使用以间接促进仔猪的胃肠道健康。对于断奶仔猪来说，最好选用一些益生菌复合酸化剂的产品来达到减少断奶综合征的目的。如果要用益生菌制品来促进生长，则应从断奶至上市前连续使用。
1、 对哺乳仔猪的影响
哺乳仔猪是发展养猪的基础，其生长发育最快、可塑性最强。但是，由于此阶段仔猪消化器官不发达、消化腺机能不完善、缺乏先天免疫力，易发生下痢和感染性传染疾病，所以此阶段仔猪死亡率也最高。目前用于控制病原微生物感染的主要措施是疫苗免疫接种和抗菌药物预防。弱毒苗存在散毒现象，而抗生素作为饲料添加剂，在减少动物细菌病、促进动物生长的同时，也带来诸如耐药性、药物残留、畜产品安全和环境污染等问题。
近年来的研究表明，应用益生菌添加剂对控制哺乳仔猪病原菌感染和提高机体免疫力有显著效果，用不同益生菌乳剂在仔猪出生30min内灌服，使益生菌抢先占领肠道环境。结果发现：I组使用活菌数为1×l09CFU/mL的复合菌乳剂(2株蜡样芽孢杆菌、1株地衣芽孢杆菌、1株嗜酸乳杆菌、1株保加利亚杆菌、1株嗜热链球菌和1株双歧杆菌)，仔猪腹泻率的发病率为32. 71%;Ⅱ组使用活菌数为1×l09CFU/mL的植物乳杆菌乳剂，仔猪腹泻率的发病率为25. 71%;而且，仔猪哺乳期增重比对照组提高了8%～13%。
2、 对断奶仔猪的影响
断奶仔猪处于快速生长发育时期，其消化机能和抵抗力还没有发育完全，如果饲养管理不当，会引起仔猪腹泻、生长发育停滞、抵抗力下降，继而死亡率提高。研究显示，在断奶仔猪日粮中添加益生菌制剂，对控制仔猪腹泻、提高仔猪生产性能有良好的效果。
3 、对妊娠母猪的影响
母猪的营养与健康直接影响其繁殖机能。日粮中含有高浓度的维生素、叶酸等，可以提高胚胎存活率、改善母猪的生产力。益生菌能够产生丰富的维生素、叶酸等物质，并且能够维持肠道微生物的平衡。国外研究结果显示，使用益生菌制剂(500g/d)使母猪分娩指数提高5.7%、窝仔猪提高6.5%、再窝死胎率下降19 .1%、母猪受胎率提高8.5% 。使用益生菌的母猪、仔猪损失减少37%，明显提高繁殖性能。进一步的研究表明，断奶仔猪日粮添加芽孢杆菌，显著增加十二指肠中乳酸杆菌的数量，同时显著降低大肠杆菌数。母猪日粮添加芽孢菌，明显降低粪便中大肠杆菌数量。
4 、益生菌饲喂不同生理阶段的猪需要解决的问题
益生菌饲喂不同生理阶段的猪时，应注意饲喂方法、剂量，以及饲喂起始时间和饲喂持续时间等问题。对于饲喂时间：①微生态制剂对新生动物的作用效果好，有利于它们建立健康健全的肠道正常微生物区系;②应用时要早，根据先人为主的理论。通过先入菌的属性控制，形成优势种群，减少或阻碍病原菌的定居;③微生态制剂的预防效果好于治疗，作用发挥较慢，故应长时间连续饲喂，才能达到预期效果。
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