非溃疡性消化不良的病因与发病机制目前尚未完全阐明，可能和下列因素有关。
慢性胃炎及慢性十二指肠炎
大多数学者认为慢性胃炎伴有胃粘膜活动性炎症时常出现消化不良的症状，经治疗胃粘膜炎症减轻后，症状也随之消失或缓解，所以慢性胃炎伴有活动性炎症，特别是中性粒细胞浸润是非溃疡性消化不良的病因之一。
幽门螺杆菌感染
幽门螺杆菌（HP）是从胃窦粘膜检出的一种革兰氏阴性杆菌，大多数研究证实幽门螺杆菌与胃粘膜活动性炎症有关，约半数非溃疡性消化不良的病人可检出幽门螺杆菌感染本身则与腹胀、嗳气有关，可能由于该细菌产生大量尿素酶，分解胃粘膜中的尿素，产生氨和二氧化碳所致。
胃、肠运动功能障碍
对非溃疡性消化不良的患者进行胃运动功能检查证实有胃排空及胃收缩活动的异常。有人给患者口服含锝［99mTC］体硫的鸡蛋观察胃对固体食物的蠕动情况，发现非溃疡性消化不良的患者食后上腹部放射活动的半衰期明显延长。由于胃肠动力学检查仪器的不断改进以及学者们对胃肠功能性疾病的深入研究，证实非溃疡性消化不良的病人不仅有胃动力学障碍，而且有肠运动功能障碍。
激素异常
非溃疡性消化不良病人血浆胃泌素水平可升高。也有人提出多种胃肠肽可能为调节胃肠动力的候补介质，如阿片样多肽可抑制肠蠕动，延迟胃排空。胰高糖素可引起胃排空延迟及胃节律紊乱。神经加压素类似胃泌素可能抑制胃收缩及排空功能。
非溃疡性消化不良的病因，多由情志不畅，肝气郁结；内伤外感，湿热中阻，饮食不节，食滞胃脘；禀赋不足，脾胃虚弱；日久失治，寒热错杂；水湿不行，痰火滞胃；虚火内盛，胃阴不足而致。
文章来源：搜狐健康