绩效工资必须有差异，没有差异很难体现不同岗位类别的价值，但差异过大，设计不合理，反而挫伤积极性更加影响和谐关系。
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分配关系不合理
（1）未按照岗位类别分配。医疗机构按照医疗、护理、医技、医辅、公共卫生、行政、工勤分为七大岗位类别，医疗机构进行收入分配时多按照科室核算，未根据岗位类别进行区分，不能体现岗位责任和风险价值因素，导致分配不合理。
（2）医疗和护理分配关系不合理。大部分医疗机构采取按照科室，医护混合核算，采用科室收入以1:0.75的比例分配给医疗和护理，这种方式不能岗位的不同性质，既不能体现医疗的价值，也不能反映护理的特点。
（3）临床与医技分配关系不合理。大部分医疗机构医院按照收-支=结余×%提成制度，收入分配主要调整的因素主要侧重在提取比例，或通过增加成本调剂，由于医疗收费定价多以物化成本确定，未按照劳动价值确定，不能充分体现风险技术难度价值，医技检验价格有形价值较多，而医疗服务定价偏低，导致一些医疗机构医技平均收入高于临床科室，会引起临床科室的极度不满
（4）经营性科室与公共服务科室分配关系不合理。医疗机构作为一个整体，不但经营性的产生收入的科室，还有承担公共服务和公益性服务的科室，如果收支结余提成进行分配，经营性科室与公共服务科室是无法采用同样的分配方式，导致收益科室与公益性科室分配关系失调。
（5）前线科室与辅助科室分配关系不合理。前线科室主要指医护技和公卫，辅助科室为行后辅，前线科室可以量化绩效，辅助科室大部分采取平均绩效，辅助科室的平均绩效取决于前线科室的绩效，如果前线科室差异较大，偏离度高，会导致辅助科室平均绩效高于前线科室，刺激许多优秀的前线科室业务骨干向辅助科室流动。
（6）管理者与员工分配关系不合理。医疗机构管理者包括院领导和科室负责人，大部分医疗机构按照管理岗位系数分配绩效，使得员工误认为管理者多拿的绩效是从员工这里剥夺的，这不利于和谐分配关系的建立。
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影响医疗机构绩效工资差距的因素
（1）医疗机构目前使用的绩效管理方案。医院目前采用的绩效管理方案，是习惯成自然，具有相对的合理性，但不一定合理，这种历史分配关系对绩效管理改革具有重要的影响。
（2）员工包容度和接受度。绩效考核和收入分配方案的调整，需要考虑员工的包容度和接受度，差异太大或太小都不好，找到合理的差异分配关系才好。
（3）管理思想。医疗机构领导的管理指导思想很关键，绩效是“一把手”工程，是“一把手”实现目标计划的重要抓手，分配关系也不是一成不变的，伴随着医院管理目标而变化，与医疗领导的管理指导思想直接相关。
（4）医院文化。医疗机构的背景、历史、风俗、习惯等组织文化，都影响到绩效分配关系，好的组织文化有利于建立和谐的绩效管理关系，不是斤斤计较“金钱至上”。
（5）管理状况。各家医疗机构管理情况不同，管理水平的不一样，管理相对好的医疗机构，绩效分配差异可以扩大，管理力量薄弱软弱涣散的，可能绩效分配差异就小或过大。
（6）人力资源状况。收入分配差异还需要充分考虑人力资源供求状况，对于人力资源紧张的，例如医生目前相对就是稀缺资源，许多医院医生配置不足，绩效分配就需要向医生倾斜。
（7）绩效总额。绩效总额直接影响到绩效分配差异，绩效总额相对富裕，绩效差异可以扩大，如果绩效总额较少，绩效差异过大，最低基础绩效受到影响，不利于兼顾公平。
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如何解决绩效管理难题
（1）充分沟通，调研员工认可度。设计问卷调查，按照医生、护理、医技、公卫、医辅、行政、工勤七个岗位类别分别调查，同时调研收入分配差异容忍度和接受度。
（2）设计岗位类别职级风险系数。按照医生、护理、医技、公卫、医辅、行政、工勤七个岗位类别，评价所有岗位的知能、责任和风险，测算出绩效分配关系及差异。康则健绩效管理云对医疗机构岗位职级系数提供了海氏系数评级法的简化设计，各个机构可以直接通过对应关系计算个性化的海氏系数，每个人的海氏系数都是专属的。
（3）既往的收入和服务数量。充分考虑既往的收入情况，以及机构的服务情况，对未来的收入和服务数量进行合理的预测，如果能做到细致，可以将收入和服务数量进行科室或者岗位类别的细致划分，反复进行绩效试算，最终确定合理方案。
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