早在宋代的《太平惠民和剂局方》中，就有关于藿香正气配方的记载。据传，宋朝国都开封位于中原地区，许多士兵在征讨南方的行军作战中，不适应当地气候，出现胸闷、头晕、腹泻等中暑、水土不服的症状。当地人常随身携带藿香以防被“瘴气”所伤，宋朝军医据此用藿香配置方剂治疗士兵的病症，效果很好，于是便流传开来。
在宋代，人们多将其制成散剂服用，于是称为 “藿香正气散”。藿香正气散药物组成主要分为两大类，一类是芳香解表的，一类是行气化湿的。藿香正气散在服用时需要添加大枣和生姜同服，较麻烦。随着中成药制剂技术的发展，近年制成了藿香正气水、藿香正气液、藿香正气丸、藿香正气软胶囊、藿香正气滴丸等多种制剂。不同剂型之间，由于制备工艺不同，其疗效有一定差异。如今的藿香正气，已成为夏季家庭的必备药品，主要用于外感暑湿引起的发热、头晕头重、腹胀腹泻、恶心呕吐、食欲不振等。但并非所有情况都适合用。
久晒中暑不宜用，
适用于“空调型中暑”
生活中，不少人误认为藿香正气水是解暑特效药，其实这是一个误区。人们俗称的中暑，一般是由于高温、剧烈运动大量出汗后出现的。而最严重的中暑，称为“热射病”，即由于长时间的高热(>40℃)，导致中暑不能缓解并加重出现神志障碍，最终导致死亡。
从中医角度来说，中暑属“阳暑”，是因为暑热内侵所致，治疗应当以清热泻火、养阴解暑为主。而藿香正气具有辛温解表、散寒、除湿的功效，属于温热药，根本不适合治疗中暑，甚至中暑禁用！
炎炎夏日，在户外大汗淋漓，直接进入空调房温差较大，出现发热、胸闷、腹胀、恶心等症状，舌苔白腻。这时可用适量藿香正气缓解症状。
细菌性腹泻不宜用，
适用于受凉腹泻
藿香正气适用于受凉引起的腹痛、腹泻，如食用生冷瓜果、冷冻食物等出现的腹泻。由于饮食不净等因素引起的细菌性腹泻不应服用藿香正气，应及时就诊。
通过临床实践，目前还发现藿香正气外用也有意想不到的功效，可遵医嘱使用。
1、防治晕车晕船 乘车乘船之前，用棉签蘸藿香正气水涂肚脐，可起到预防的作用。
2、防治蚊虫叮咬 被蚊虫叮咬后可用藿香正气水外涂患处，半小时左右可减轻或消除瘙痒感。
3、抑制真菌感染 用于治疗皮肤真菌感染。如足癣，将患足洗净擦干，将藿香正气水涂于患处，早晚各一次，5天一个疗程。体癣、股癣也可涂抹藿香正气水。
4、治疗小儿痱子 可取藿香正气水（不含酒精）1支按比例加凉开水或生理盐水稀释，用消毒药棉蘸稀释后的药液涂擦患处，每日2-3次，能防治小儿痱子。
5、治疗湿疹 每日用温水清洗患处后，直接用藿香正气水外涂患处，每天3-5次，连用3-5天湿疹可痊愈。
藿香正气使用时需注意的事项
1、不能与某些药物同服
在服用一些抗菌药、降糖药、抗抑郁药等药物时，避免服用藿香正气水。头孢类药物遇到藿香正气水中的乙醇，会发生双硫仑样反应，表现为气短多汗、头昏头痛、呕吐、心率加快、呼吸困难等，甚至还出现休克和意识障碍。也不宜在服药期间同时服用滋补性中药，有高血压、心脏病、肝病、糖尿病、肾病等慢性疾病严重者或正在接受其他治疗的患者，均应在医生或药师指导下服用。
2、服药后过20分钟再开车
藿香正气水在制作时是将十味中药用40%—50%的乙醇做溶剂静置、过滤、灌装，因此“藿香正气水所含的乙醇浓度相当于40度的酒”。
喝了藿香正气水后，会有酒精短暂停留在口腔内，但几分钟之后就会挥发掉。建议刚喝过藿香正气水的司机，最好过20分钟后再驾驶车辆。
3、酒精过敏者慎用
藿香正气水在生产和加工过程中加入了不少防腐剂和酒精等辅料，有过敏体质者最好在医生的指导下服用。7岁以下的儿童最好不要擅自服用，而外用时3岁以内的儿童最好选择不含酒精的藿香正气水。
4、老人、孕妇、儿童等不适合服用藿香正气水
藿香正气水酒精含量较高，同时药效也比较迅猛，不适合老人、孕妇、儿童等体质较弱的人群。所以，当老人、儿童等出现暑湿感冒时，应慎用藿香正气水。尤其是孕妇，藿香正气水中的藿香、陈皮、厚朴等芳香物质具有行气之功，服用后可能引起流产。