在多种微生物中，真菌是最常引起人类过敏的微生物。真菌分为两类，即酵母菌和霉菌。导致人体过敏的主要是霉菌，霉菌的来源多种多样，有的来自发霉的瓜果蔬菜，有的来自放置在潮湿阴暗处的各种有机物（如稻草、麦秆及草料等），亦有的来自经发酵加工过的各种食品或药物。
真菌繁殖需要较高的温度和湿度，它们主要影响着真菌的生长、孢子的产生和飘散量。因此，真菌在又潮又热的环境生长最好，那时空气中真菌孢子最多；在下雨的时候，空气中孢子数减少，但雨过天晴，空气中孢子量将大幅度增加。
山东省立医院过敏反应科曹乃清主任表示，空气中传播的真菌简称气传真菌，是诱发常年性过敏反应的常见过敏原。真菌引起的过敏反应主要表现为哮喘，有些患者吸入大量真菌孢子可引起严重的甚至是致死的哮喘，这是由于真菌孢子的直径很小，只有3~5微米大小，较花粉颗粒小的多，因而更易于进入肺部。除哮喘外，真菌也可引起过敏性鼻炎，原因是由于吸入真菌太多，少数停留在了鼻粘膜上。真菌食入亦是致敏的重要途径之一，不少人食用蘑菇、酒、醋、酱油、酱、果脯，甚至食用发酵过的馒头、面包、糕点及糖果等后，引起胃肠道或呼吸道过敏反应。由于真菌到处生长，与人类皮肤的接触非常频繁，可以引起接触性过敏反应，例如有些木工、每次接触发霉的木材或堆放已久的锯屑后，农民麦收时接触麦秆后，双手起水疱、发痒、渗出，并出现手掌部的多发性皲裂。人类直接接受真菌注入的机会并不多，但人类接受真菌产物注入的机会则极为普遍，尤以各种抗生素的注入非常频繁，主要以药物过敏为主要临床表现。
真菌过敏反应可以看作是一种环境性疾病，如能控制对环境中致敏真菌的接触，即可有效地防止真菌过敏反应的发生或控制病情。尽量保持居室或作业场所室内的干燥、洁净、向阳及良好的通风；真菌过敏者应避免到地窖、粮仓、打谷场地及蔬菜、水果、木材、柴草等大量堆存或霉烂的地方逗留，切勿在久未启用或长期未经打扫的房间内工作或睡眠，必要时应将位于底层的卧室移至高层；对于严重的真菌过敏者，如有条件可易地治疗；对因进食真菌而引起过敏者，应尽量避免食用发酵食物及食用真菌。