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巴斯德曾任里尔大学、巴黎师范大学教授和巴斯德研究所所长。在他的一生中，曾对同分异构现象、发酵、细菌培养和疫苗等研究取得重大成就，从而奠定了工业微生物学和医学微生物学的基础，并开创了微生物生理学，被后人誉为“微生物学之父”。美国学者麦克·哈特所著的《影响人类历史进程的100名人排行榜》中，巴斯德名列第12位，可见其在人类历史上巨大的影响力。其发明的巴氏消毒法直至现在仍被应用。
研制狂犬疫苗第一人
1882年，巴斯德被选为法兰西学院院士，同年开始研究狂犬疫苗。狂犬病是一种可怕的传染病。人和家畜被病犬咬伤之后，也会患狂犬病。它每年要夺走数以百计法国人的生命，当时没有疫苗，也没有免疫球蛋白，对付狂犬病，人们只能使用烧红的铁棍，19世纪的欧洲人相信，火焰与高温可以净化任一切事物，包括肉眼所看不见的细菌。
当时只要是被动物咬伤的人们，都会被村庄中的壮汉们强压至打铁铺，请铁匠用烧红的铁棍去烙烫伤口，想藉此“烧”死看不见的病原，但如此原始、残酷的作法，并没有办法治疗狂犬病，常常只是加速死亡的来临。1880年底，一位兽医带着两只病犬来拜访巴斯德，请求帮助。能不能制成狂犬疫苗呢？1881年，巴斯德组成一个三人小组开始研制狂犬病疫苗。他们希望从采集病犬的唾液进行研究，但这种采集十分危险。巴斯德和他的团队冒着被咬伤的危险采集狂犬的唾液，一次，巴斯德为了收集一条疯狗的唾液，竟然跪在狂犬的脚下耐心等待。
他们将采集的狂犬唾液注射到健康犬只的脑中，健康的犬只果然马上发病死亡，历经过数次的动物实验，巴斯德推论出狂犬病病毒应该都集中于神经系统，因此他大胆地从病死的兔子身上取出一小段脊髓，悬挂在一支无菌烧瓶中，使其“干燥”。他发现，没有经过干燥的脊髓，是极为致命的，如果将脊髓研磨后将其和蒸馏水混合，注入健康的犬只体内，狗必死无疑；相反的，将干燥后脊髓和蒸馏水混合注入狗的身上，却都神奇的活了下来。
巴斯德于是推断干燥后脊髓的病毒已经死了，至少已经非常微弱。因此他把干燥的脊髓组织磨碎加水制成疫苗，注射到犬只脑中，再让打过疫苗的狗，接触致命的病毒。经过反复实验后，接种疫苗的狗，即使脑中被注入狂犬病毒，也都不会发病了！巴斯德高兴的宣布狂犬疫苗研发成功！
1885年，一位几乎绝望的母亲，带着被狂犬咬伤的9岁小男孩约瑟芬（Joseph Meister），来到了巴斯德实验室门口，哀求巴斯德救救她的孩子。为了不眼睁睁看着男童死去，巴斯德决定为约瑟芬打下人类的第一针，这时距离约瑟芬被狗咬伤已经四、五天了；巴斯德在1 0天中连续给少年注射了十几针不同毒性的疫苗。
在治疗约瑟芬的过程中，有人提出：“把孩子当试验品是不道德的，我们不知道应该用在人身上的剂量。”巴斯德的回答则是：“我确定我是在救一个孩子的命，而不是在试验我的疫苗。”
他为小约瑟芬彻夜难眠，怕自己害了他，甚至在回家乡阿尔布瓦休息前，还叮嘱小约瑟芬每天写信告诉他发生的事。15天假期里，巴斯德家里连续不断地收到病人汇报情况的信件。一个月后，少年健朗如常，安然返回家乡。巴斯德成为世界上第一个能从狂犬病中挽救生命的人。
消息传开，国内外络绎不绝的患者蜂拥而至前来注射疫苗，狂犬疫苗取得了空前的成功。巴斯德和助手日夜忙碌。长年的过度工作，严重损害巴斯德的健康。1887年10月23日上午，他脑溢血又发作了，倒在写字台上，舌头麻痹，说不出话来。
在狂犬病疫苗研究上的努力使得巴斯德更加赢得法国民众的尊重，1888年，法国政府为表彰他的杰出贡献，成立了巴斯德研究所，他亲自担任所长。1889年，生产工艺已经比较成熟的狂犬病疫苗正是由巴斯德研究所推向市场，并开始广泛使用。
1895年9月28日，也就是他72岁时，他在亲友及学生的环绕中在维伦纽夫.勒伊丹（Villeneuve L’Etang）去世。差不多有半个多世纪，他都是在半身不遂的情况下，在科研领域拼命研究往前冲的。
巴斯德研究鸡霍乱、炭疽杆菌以及狂犬病上的指导思想日后成为免疫学的基石，其他科学家应用巴斯德的基本思想先后发展出抵御许多种严重疾病的疫苗，能够预防斑疹伤寒和脊髓灰质炎等疾病。
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