奥美拉唑是临床上常用的质子泵抑制剂，主要用于胃、十二指肠溃疡、反流性食管炎，注射剂也用于消化道出血等，但是，若使用不当，则会出现疗效降低或不良反应增加的情况，应注意以下方面：
1、不宜咀嚼
服用奥美拉唑的缓释胶囊或肠溶片，应该整粒吞服，不应该咀嚼，以防药物颗粒过早在胃内释放而影响疗效。
2、不宜使用过量
服用过量会导致视物模糊、意识障碍、嗜睡、头痛、口干、颜面潮红、恶心及心动过速或心律失常等。
3、特殊患者不宜使用
婴幼儿、严重肾功能不全者不宜使用本药物;肝肾功能不全者慎用;尽管动物实验尚未发现对妊娠或胎儿有影响，但是，建议孕妇尽可能避免使用该药物。
4、不宜长期使用
动物实验证明，本药物可以引起胃底部和胃体部主要内分泌细胞(肠嗜络细胞)增生，长期用药还可以发生胃部类癌。
5、胃癌明确前不宜使用
本药物可以减轻胃癌症状，故治疗胃溃疡时，应该先排除胃癌的可能后才能使用本药物，以免延误诊断。
6、勿和地高辛合用
与地高辛合用会使地高辛的吸收增加，有加重地高辛中毒的危险。合用时，应该减少地高辛的用量，以免出现中毒。
7、不宜与四环素、氨苄西林、酮康唑合用
其可使四环素、氨苄西林、酮康唑等吸收减少，血药浓度降低，这与本药造成的胃内碱性环境有关。