疾病因素
1、肠道菌群失调。
临床上主要表现为泡沫盲肠粪便、橙色粪便和大滩盲肠粪便;鸡只可能存在“勾料”(将颗粒饲料甩出料盘)，“料粪”(粪便中出现未被消化的饲料);饮水量增加。
发生菌群失调时，肉鸡生产性能或不受影响，或使采食量减少，进而影响生长;脚病较常见。使用抗生素药物后，有时稀便可恢复正常，但以后的整个生长期内仍然易感，不能形成永久免疫力，病因不除，仍会复发。
2、病毒性因素。
多与轮状病毒和呼肠孤病毒有关。
3、球虫病。
在肉鸡的整个养殖过程中，球虫病一直是最普遍的影响肠道健康和生长效率的重要疾病之一，而感染球虫后所引发的肠道病原菌感染，也是引发肠道疾病的重要原因。
4、坏死性肠炎。
引起坏死性肠炎的因素很多，但产气荚膜梭状芽孢杆菌是导致坏死性肠炎的一种普遍存在的厌氧性微生物。当肉鸡感染亚临床型球虫病，饲料中淀粉和蛋白质的含量过高，使用部分小麦、大麦和燕麦等代替玉米作为能量饲料等情况下，产气荚膜梭状芽孢杆菌能在肠道中繁殖，产生毒性较强、肉鸡敏感的α毒素而致病。
5、霉菌毒素蓄积性中毒。
霉菌毒素正在逐步加重对我国肉鸡的威胁。霉菌的污染，一般多见饲料、环境的污染。饲料污染最常见的是玉米的污染，其次是豆粕、杂粕的污染，然后是食槽内的污染和成品料的污染。霉菌及其毒素的污染，对鸡的各个系统各个组织都能造成损害，尤其是消化系统。如肌胃溃烂、腺胃肿大、肠粘膜脱落、肠道菌群失调等;临床表现就是拉稀、拉不消化饲料粪便。
我国养鸡行业中流行的腺胃炎、肌胃腺胃炎，基本上都是由目前霉菌及其毒素引起的。
但是，由于饲料霉变因素无法彻底排除，因而商品肉鸡要经常面临肠道不健康，消化系统功能不全的现状。
保健措施
1、加强饲养管理，确保良好的种鸡营养，有助于提高雏鸡的初生重和整齐度。
2、缩小雏鸡运输时间，避免运输过程的热应激或冷应激。
3、提供良好的育雏条件和高质量的育雏料。
4、使用健康源1吨料10kg喂养，确保雏鸡阶段就拥有健康的肠道。
5、提供优质的饲料，其中所含的各种营养成分均衡，容易被消化吸收;
6、保障机体健康。选择优良水源，供给清洁饮水。
7、遵循循序渐进的换料方式，杜绝换料应激。
8、加强环境卫生消毒，保护好呼吸道。防止机体防御体系的第一道门户受损。
9、加强垫料管理，垫料要松软、干燥、无污染。如果垫料的含水量太高，或者垫料表面板结，鸡只将长期暴露在湿滑和粘稠的垫料上而诱发肠道疾病。为了防止潮湿垫料变得更糟，应经常翻动或更换这些地方的垫料。
10、必须经常监控鸡舍的温度、湿度和通风情况。确保对垫料湿度的控制，确保垫料保持易散状态。
11、在鸡舍内，必须保持足够的最小通风量。这种最小通风量应能有效防止舍内空气中的二氧化碳和氨气浓度超过有害水平。
12、要有高标准的饮水管理措施。每天记录饮水量，检查和调整水压，防止乳头饮水器漏水。
13、防止霉菌危害。平时多用脱霉剂、霉菌抑制剂、霉菌毒素分解剂等，同时多注意肠道梭菌的感染，注意对肠道综合征和霉菌性肠炎的控制。
14、控制好球虫病
要落实好各项生物安全措施，严格控制非本场人员进出，严格执行进出清洗消毒制度，这些人包括：运雏人员，来场检查、免疫和称重的服务人员和生产经理等。清洗、消毒和生物安全措施虽然不能有效预防球虫病，但在减轻球虫早期感染方面是重要的。药物对所有种类的球虫都有效，但存在抗药性的问题。
15、控制病毒性肠炎
解决病毒性肠炎行之有效的方法主要是空舍期间的彻底清洗消毒和严格的生物安全措施。空舍期间应对鸡舍及其周边环境进行彻底清洗消毒。大多数肠炎病毒生命力强，难以消灭，有鸡只排泄物存在时，病毒在环境中的稳定性和对消毒剂的抵抗力增强。轮状病毒对许多消毒剂有抵抗力，包括季胺盐类、碘制剂等，可用的抗病毒消毒剂有甲醛、过氧化氢、过氧乙酸和戊二醛等。清洗剂和消毒剂的使用必须遵循标准操作规程，确保使用正确。
治疗原则
1、消除致病因素
主要是饲料因素和应激因素。消除应激因素，适时投喂电解多维、鱼肝油和维生素C等是有必要的。
2、消灭病原体
主要包括细菌、病毒和寄生虫。以病原对药物的敏感程度，可选用喹诺酮类、多粘菌素类、氨基糖甙类等药物。
3、排除内毒素，保护肝肾
一般来说中药较为适宜，如清热解毒类中药等。
4、调节肠道内环境（健康源益生菌无药残）
抑制厌氧菌的生长，保护肠道有益菌，维持肠道的正常pH值。常用的药物有甲硝唑、替硝唑和一些中药。
5、修复受损的肠道粘膜，避免重复感染
常规用药是补充鱼肝油(维生素A)，这在治疗过程中也是很有必要的。因为维生素A可以维持粘膜上皮细胞的完整性、修复被损粘膜，从而防制腹泻的复发。
6、补充电解质和维生素
出现肠道疾病要标本兼治，不可有病乱投药。肠道疾病腹泻症状为标，致病因素即病原为本，不可只为止泻而忽略了对病原的消除;只为抗菌而忽略了对肠道毒素的排除和粘膜的保护;补充电解质和维生素，调节腹泻造成的体内电解质失调和酸碱平衡紊乱。只有采取积极地预防手段和标本兼治的原则，才可能最大地降低肠道疾病对肉鸡的危害。