8月1日，财政部、国家卫健委、国家医保局联合发布了《关于全面推行医疗收费电子票据管理改革的通知》（财综〔2019〕29号），全面推行医疗收费电子票据改革，明确了全国统一的医疗收费电子票据式样，同时明确了电子票据信息的填列内容，对于个人所得税大病医疗专项附加扣除的政策细节进行了进一步明确。
可扣除的支出项目
根据《个人所得税专项附加扣除暂行办法》（国发〔2018〕41号）文件的规定，纳税人发生的与基本医保相关的医药费用支出，扣除医保报销后个人负担（指医保目录范围内的自付部分）的部分准予扣除。
本次医疗电子票据改革政策中，对可以扣除的支出项目进行了进一步的明确，即在医疗电子票据的“其他信息”栏次里，直接列示“个人自付”的金额，并明确个人自付费用明细为：患者本次就医所发生的医疗费用中由个人负担的属于基本医疗保险目录范围内自付部分的金额；开展按病种、病组、床日等打包付费方式且由患者定额付费的费用。
本次医疗电子票据改革明确，医疗收费票据中各项金额的勾稽关系为：金额合计=医保统筹基金支付+其他支付+个人账户支付+个人现金支付，其中仅“其他信息”中的“个人自付”金额为大病医疗可扣除金额。
本次改革通过在医疗电子票据中直接列示“个人自付”金额的方式，明确了个人大病医疗的可扣除内容，为纳税人统计和计算扣除项目金额提供了便利，体现了国家“放管服”改革实质举措的落实。
“大病”的定义和概念
在原专项附加扣除政策中，并未对大病医疗扣除项目中“大病”的概念进行明确，曾引起大家对“大病”定义的讨论。而本次医疗电子票据改革明确，只要个人发生了医保范围内的自付费用，即可进行扣除，而不论病情病种，也不区分门诊支出和住院支出，只要属于医保范围内且个人承担的支出，在医疗电子票据其他信息的“个人自付”列明的金额，均可进行扣除。
扣除限额与扣除对象
根据《个人所得税专项附加扣除暂行办法》（国发〔2018〕41号）文件的规定，在一个纳税年度内，纳税人发生的与基本医保相关的医药费用支出，扣除医保报销后个人负担（指医保目录范围内的自付部分）累计超过15000元的部分，由纳税人在办理年度汇算清缴时，在80000元限额内据实扣除。
纳税人发生的医药费用支出可以选择由本人或者其配偶扣除；未成年子女发生的医药费用支出可以选择由其父母一方扣除。
纳税人及其配偶、未成年子女发生的医药费用支出，按本办法第十一条规定分别计算扣除额。
因此，在扣除限额上，个人全年医疗收费电子票据中“个人自付”列示金额超过15000元的部分，可以进行扣除，纳税人的配偶、未成年子女选择在纳税人一方进行扣除的，每人分别扣除15000元后，总扣除限额为80000元。如纳税人自身发生医疗支出自付部分为60000元，其配偶发生医疗支出自付部分为120000元，选择均在纳税人一方扣除，则纳税人自身可扣除金额为60000-15000=45000元，其配偶可扣除金额为120000-15000=105000元，总扣除额=45000+105000=150000元，超过最高扣除限额80000元，因此，纳税人当年应按照80000元的扣除限额计算扣除。
在个人所得税APP中填报时，应按照每个人分别进行填写。
第一步：选择医疗费用发生主体与扣除主体的关系：
第二步：填写个人负担金额，需要注意的是，此处填写的个人负担金额应为扣除15000元之前的金额，即个人实际自付的金额，系统会自动进行计算，金额填写完成后提交即完成申报。
商业医疗保险不影响扣除
个人发生医疗费用支出，除基本医疗保险外，个人自行购买了其他商业医疗保险，并获得了保险赔付，该赔付费用不影响大病医疗的专项附加扣除，符合条件的费用支出，即医疗电子票据“个人自付”一栏中列明的金额，可以正常进行扣除。
扣除时间
根据《个人所得税专项附加扣除暂行办法》（国发〔2018〕41号）文件的规定，大病医疗支出由个人在办理个人所得税年度汇算清缴时扣除，即在年度中间预扣预缴时，大病医疗支出不能扣除，年度内发生的支出，在次年3月1日至6月30日的汇算清缴期内扣除。
留存备查资料
根据《个人所得税专项附加扣除暂行办法》（国发〔2018〕41号）文件的规定，纳税人应当留存医药服务收费及医保报销相关票据原件（或者复印件）等资料备查。此次医疗电子票据改革，为大病医疗专项附加扣除支出的信息化管理提供了条件，方便了纳税人的信息填报和资料留存，也便利了税务机关的征管和信息比对。
官方提醒：大病医疗明年才能申报
请在2020年1月1日（含）后申报大病医疗扣除。由于大病医疗扣除需要累计计算个人全年发生的医疗支出自行负担金额，所以只能在2019年度结束后才能申报享受。