现阶段的养殖观念依旧是习惯性遵循“春冬”才防，大部分养殖企业还是认为冬春季节是禽流感的高发期，而疏忽了对高致病禽流感在夏秋季节带来的危害，导致夏秋季对流感的防控薄弱，给了流感一个非常大预防空档。尤其是当前高行情、高成本、高利润的“三高”养殖形势下，更不能在免疫防控上麻痹大意，伴随饲喂成本增高，导致风险和伤淘成本都非常高，而且流感防不好，也很容易引发其它疾病混感。
目前常用的免疫程序，在雏鸡母源抗体下降到保护水平以下和疫苗诱导的抗体达到保护水平之间，有1～2周的免疫空白期，此期间如果环境中有流感病毒则会感染。目前肉仔鸡常见的20～30日龄出现的气囊炎即属此类感染的并发症。另外，许多养殖户聘请免疫人员给鸡群免疫，如果这些注射人员的素质不高，会出现漏免的情况，此时鸡群个别鸡只由于没有被注射足够的疫苗或根本没有被注射，则不会产生足够的抗体，导致免疫失败。
对于刚刚孵化不久的幼禽，免疫器官不成熟，对疫苗的免疫应答还不健全；常常存在具有免疫缺陷的个体，这些免疫缺陷的家禽水禽无论如何免疫接种，抗体水平都不会有所提升；其次就是免疫抑制，家禽水禽的长途运输或疫苗的注射以及营养代谢中毒等多方面原因使禽处于亚健康或免疫抑制状态，免疫应答能力低下，往往会导致疫苗免疫失败。研究表明霉菌毒素(黄曲霉毒素、赭曲霉毒素)可明显抑制免疫功能，应激(换料、寒冷)也可造成免疫抑制，因此导致抗体不升或机体容易感染。
传统注射疫苗在常规程序里，是需要多次注射免疫才能刺激机体产生保护性免疫，而在肉禽养殖中，往往只注射接种一次，免疫力很难达到保护标准，所以必须接种2次以上才能产生较好的保护性。因此肉禽建议免疫同类型疫苗两次，种禽至少免疫三次才能够起到理想的保护作用。
①初次应答：
动物机体初次接触抗原，也就是某种抗原首次进入体内引起的抗体产生过程称为初次应答。
②再次应答：
动物抗体第二次接触相同的抗原时，起初原有抗体水平略有下降，接着抗体水平很快上升，3-5天抗体水平即可达到高峰。
③回忆应答：
抗原刺激机体产生的抗体经过一定时间后，在体内逐渐消失，此时若机体再次接触相同的抗原物质，可使已消失的抗体快速回升，这称为抗体的回忆应答。
流感最近的变异是我们养殖场以及疫苗生产厂家最头疼的事情了，在广泛使用疫苗的环境下，大量与抗体相对应的病毒被灭活，但其中必然还有少数的病毒能逃逸抗体的作用而得以生存和繁殖，随着时间推移，自然界存在能逃逸现有抗体的病毒就会越来越多，所以原来的疫苗保护效果就要打折扣。
流感的发病率与饲养管理有很大关系，圈舍温度过低、通风不当会明显增加禽流感的发病率或死亡率。研究表明环境中病毒浓度与抗体的保护率成反比。