种鸡场应重点从以下几方面入手防控沙门氏菌病的发生：
一、控制垂直传播
首先防止蛋在产后发生污染，即保持产出的种蛋清洁、定时干净收集种蛋、立即进行消毒。然后种蛋应储存在较低的温度下，用甲醛熏蒸孵化器以降低沙门氏菌污染。
其次祖代鸡群不应进行免疫，而是依靠良好的生物安全和经常性的筛选来尽早发现沙门氏菌疫情。唯一能消除垂直传播的方法是培育阴性种群，其它措施均最大限度的减少沙门氏菌的感染而不能彻底消除感染。
二、控制水平传播
保证从无污染的种禽场引种。定期清洗消毒饮水系统，确保饮水中的细菌含量不超标。清除老鼠、害虫和野鸟等传染源，同时进场物品应彻底消毒，并定期对饲料、原料和环境样本进行检测。
三、免疫或用药控制
现用的疫苗只是肠炎沙门氏菌，而无鸡白痢和伤寒沙门氏菌。
在1-10日龄免疫第一次，然后在育成期和开产前再分别免疫，这样可以降低患病机率，但无法达到净化沙门氏菌的目的。如果鸡群沙门氏菌严重只能使用药物定期预防，以磺胺类和氟苯尼考首选。所以防控沙门氏菌主要依靠生物安全措施。有的公司免疫，有的不免疫。
四、净化沙门氏菌
根除沙门氏菌的方法是在开产前对鸡群进行血清平板凝集实验，逐只普查。蛋鸡一般均靠普检，因为蛋鸡生产周期长，影响大。