第一尴尬
属性不同，质量输在起跑线上
中药材在产地源头，属于农副产品，只有到了专业市场或生产企业才为中药材。很多中药材或中药饮片之所以不合格，是因为输在了“农副产品”这一起跑线上。
产地药农大剂量喷施农药、化肥、植物生长调节剂，会给中药材造成农残或重金属超标现象。而脱离道地产区南辕北辙的胡乱异地种植，则是导致中药材性状变异和成分含量不够的罪魁祸首。
此外，为了追赶市场行情，一些药农对中药材提前采挖、收割的抢青行为，更是让中药材质量毁于一旦的直接原因。
在产地与市场之间，中药材有着属性不同的弊端现状，这是业内众所周知的一大问题，并且截至目前，这一被认为是行业发展的障碍仍然没有得到有效解决。
农副产品不在药监部门管辖之下，农民只管在产地随意种植，而药监部门在市场对中药的质量则是严格监管，而由此造成企业如同风箱里的老鼠夹在中间进退失据，承受着种植端和使用端的双重压力。
一个产业链同时出现了两个极端，而有了问题却都把板子打在中间环节的生产单位身上，这让中药企业难上加难。
没有源头合格的原料，哪来企业合格的产品？中药材双重属性一日不得解除，中药饮片不合格现象都难以杜绝。
第二尴尬
用途不同，标准难定
随着药典相应检项的不断增加与完善，以及管理部门对行业市场的监管趋严，中药材专业市场的现实状况亦遭遇尴尬。
按照相关部门的检查要求，只要是在专业市场上摆卖、流通的中药材，首先它的质量就必须要符合药典标准才行。在监管层面，如果相应成分含量抽检不达标，同样可视为不合格“劣药”。
但是，中药材专业市场所具备的只是一个聚散功能，药材多来源于产地，且没有多少货是真正经过检测的，相应品种质量是否合格，存在很大不确定性。此外，虽然同样是在一个市场流通，但是很多药材的取材、用料流向也不尽相同。
譬如，用于兽药使用的药材，如果也按照中药饮片、中成药的标准执行，是有一定难度的。市场上还有许多药材看着品相残缺或质次，这些药材的用料方向是家畜家禽饲料配方、或农牧渔业饵料投食使用，
此外，用于食品香精、色素、甜味剂等方向的中药材、或用于工业胶类提取、粘合剂、熏香类方面使用的相应品种，由于它们的取材流向各不相同，着重点也根本不在药典标准规定的成分含量上。
针对以上情况，如此在市场“例行抽查”又该如何对待呢？如果监管部门都去按照药典标准规定采取“一刀切”的办法，显然与行业市场现状不符。这也是当前监管部门与行业经营者都比较头痛的问题。
第三尴尬
行业条例与行业发展，脱节严重
近年来，国家多次颁布支持中医药行业发展的政策文件，如《中药材保护和发展规划（2015—2020年）》《中药材产业扶贫行动计划（2017—2020年）》《中药材生产质量管理规范（征求意见稿）》等。
但《野生药材资源保护管理条例》自1987年12月1日实施以来，转眼30多年过去，却迟迟没有予以更新，这对于当前日新月异高速发展的中医药行业而言，已经十分滞后。
在《野生药材资源保护管理条例》中，42种一、二、三级被保护的动植物药材，其中很多品种随着时间的推移，近十几年来已经被广泛家种家养。
例如一级保护名录中梅花鹿茸这个药材，近年来因梅花鹿家养推广成功，梅花鹿茸在行业市场也已比比皆是，非常普遍。
二级动植物保护名录中，如甘草、黄连、人参、杜仲、厚朴、黄柏等药材，随着相应产地大面积种植，亦很难再称“名贵”二字。
三级动植物保护名录中，如黄芩、天冬、猪苓、龙胆、远志、肉苁蓉、秦艽、细辛、五味子、蔓荆子、山茱萸、石斛、连翘、羌活等药材，由于个别品种近年种植量偏多，甚至已经出现货多滥市状况，一些药材虽然属于87版《野生药材资源保护管理条例》中的管理药材，但时过境迁，于当前行业现状而言，其实这些药材已经属于货多滥市的品种，再按老条例执法已经缺乏实际意义。
由于87版的《野生药材资源保护管理条例》与当前行业实际现状脱节太大，给相关管理部门和行业市场带来许多尴尬状况。
随着时间的推移，经过30多年的日月轮回洗礼，其实中药行业已经出现了更多新的动向和问题值得我们关注并解决。
有些非保护品种的野生药材例如粉防己、石菖蒲等，因市场用量巨大，在供不应求的情况下，产地药农毫无节制的滥采滥伐中导致资源日渐稀少，甚至有的野生品种当前已经开始步入资源枯竭状态。
一些原来的保护野生品种同样很尴尬。譬如防风，在近十多年来已经被成功广泛种植。但由于家种防风未具有野生品防风所独具的“蚯蚓头、环状纹、灰褐色”等外观性状特点，虽然相应要求的成分含量十足，却又不被药典所接受。但这些不被药典标准认可的家种防风，却也能在市场上或明或暗地流通。
中药行业，正面临着一种“需要放开的品种迟迟未放开，亟待保护的品种却仍然得不到保护”的尴尬现象。